More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1384 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1384  DNA polymerase  100 
 
 
302 aa  594  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0442603  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.72 
 
 
299 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0647  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.46 
 
 
289 aa  319  3e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.268073 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.48 
 
 
299 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.735603  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0909  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.47 
 
 
285 aa  205  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0620  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.68 
 
 
290 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.316003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.68 
 
 
290 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2373  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.37 
 
 
307 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.03 
 
 
315 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3219  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.03 
 
 
289 aa  192  9e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.82 
 
 
290 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.52 
 
 
301 aa  188  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
277 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1210  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.52 
 
 
282 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  0.843697 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.95 
 
 
290 aa  185  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2659  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.37 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.845005  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.8 
 
 
276 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0440  uracil-DNA glycosylase  34.11 
 
 
275 aa  180  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  46.24 
 
 
274 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.83 
 
 
278 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4246  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.34 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.558315  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.26 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5420  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.93 
 
 
300 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4616  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.94 
 
 
334 aa  169  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.259396  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.81 
 
 
277 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.21 
 
 
276 aa  165  8e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4766  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.2 
 
 
309 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.27 
 
 
273 aa  160  2e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  41.85 
 
 
255 aa  159  5e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.01 
 
 
295 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3901  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.76 
 
 
300 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.463834  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  38.46 
 
 
261 aa  151  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.63 
 
 
255 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2189  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.92 
 
 
286 aa  149  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  37.63 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2166  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.4 
 
 
272 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.832765  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3090  uracil-DNA glycosylase  40.96 
 
 
265 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.646333  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0224  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.68 
 
 
259 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215269  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2661  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.21 
 
 
260 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.642929  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.22 
 
 
210 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  37.99 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.91 
 
 
264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.43 
 
 
187 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.1 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.43 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1001  hypothetical protein  39.36 
 
 
260 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.12 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.56 
 
 
191 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.07 
 
 
255 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.35 
 
 
294 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  36.26 
 
 
224 aa  125  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36 
 
 
205 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  32.22 
 
 
233 aa  125  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.2 
 
 
209 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.41 
 
 
245 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.76 
 
 
263 aa  124  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.36 
 
 
264 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.78 
 
 
433 aa  122  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.11 
 
 
271 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.78 
 
 
455 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  36.78 
 
 
455 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  36.78 
 
 
455 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.78 
 
 
455 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  36.78 
 
 
455 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.78 
 
 
468 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  36.99 
 
 
220 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.93 
 
 
345 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.93 
 
 
367 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.95 
 
 
336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.93 
 
 
346 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.93 
 
 
346 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.93 
 
 
342 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.29 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.52 
 
 
341 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2121  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.1 
 
 
271 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1234  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.72 
 
 
358 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532559  normal  0.188562 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.51 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  36.02 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.85 
 
 
414 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1656  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.16 
 
 
401 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00964982 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  36.84 
 
 
264 aa  118  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.78 
 
 
243 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.49 
 
 
235 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.38 
 
 
380 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3108  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.32 
 
 
189 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.5 
 
 
209 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  31.37 
 
 
210 aa  116  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.63 
 
 
300 aa  115  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.96 
 
 
249 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.38 
 
 
205 aa  115  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.49 
 
 
186 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.64 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0552  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.23 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.446381  hitchhiker  0.00103013 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.65 
 
 
308 aa  112  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.934489  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2882  uracil-DNA glycosylase family 4 protein  31.65 
 
 
308 aa  112  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1236  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.68 
 
 
220 aa  112  6e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.289271  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.61 
 
 
199 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2893  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.72 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.260893  normal  0.720547 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.04 
 
 
231 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>