More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1228 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
276 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  75.87 
 
 
277 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1210  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  76.79 
 
 
282 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  0.843697 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3219  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  70.71 
 
 
289 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  72.2 
 
 
277 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  67.01 
 
 
301 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  70.7 
 
 
274 aa  357  9e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2373  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  71.86 
 
 
307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0909  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.24 
 
 
285 aa  275  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  59.55 
 
 
281 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.79 
 
 
290 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.11 
 
 
278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4246  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.64 
 
 
323 aa  268  7e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.558315  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5420  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.17 
 
 
300 aa  264  8.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4616  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  61.47 
 
 
334 aa  261  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.259396  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4766  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  65.78 
 
 
309 aa  256  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0620  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.62 
 
 
290 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.316003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.62 
 
 
290 aa  256  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.3 
 
 
290 aa  254  7e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.12 
 
 
295 aa  249  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0440  uracil-DNA glycosylase  46.32 
 
 
275 aa  247  2e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2659  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.74 
 
 
285 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.845005  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.33 
 
 
315 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.38 
 
 
276 aa  208  7e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.81 
 
 
273 aa  207  1e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  39.33 
 
 
261 aa  207  1e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2189  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.13 
 
 
286 aa  204  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  37.93 
 
 
261 aa  202  4e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3901  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.11 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.463834  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.49 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.15 
 
 
255 aa  192  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  48.91 
 
 
255 aa  191  1e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3090  uracil-DNA glycosylase  52.6 
 
 
265 aa  190  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.646333  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2661  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.63 
 
 
260 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.642929  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1001  hypothetical protein  51.85 
 
 
260 aa  185  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.45 
 
 
299 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.735603  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0647  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.65 
 
 
289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.268073 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  47.31 
 
 
224 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0224  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.21 
 
 
259 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215269  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2166  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.95 
 
 
272 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.832765  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.32 
 
 
295 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.56 
 
 
255 aa  175  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.63 
 
 
187 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45 
 
 
205 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.96 
 
 
210 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.33 
 
 
235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.66 
 
 
245 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1384  DNA polymerase  39.29 
 
 
302 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0442603  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  39.39 
 
 
233 aa  170  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40 
 
 
273 aa  168  9e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.858318  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1556  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.83 
 
 
230 aa  168  9e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.199846  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.35 
 
 
305 aa  168  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.83 
 
 
241 aa  167  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.72 
 
 
271 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1126  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.45 
 
 
235 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.93 
 
 
209 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.15 
 
 
259 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.57 
 
 
253 aa  166  5e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.96 
 
 
380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.89 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.5 
 
 
294 aa  163  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.29 
 
 
191 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.09 
 
 
205 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.6 
 
 
186 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.6 
 
 
294 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  46.8 
 
 
433 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.23 
 
 
317 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  43.26 
 
 
210 aa  159  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.86 
 
 
195 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  48.24 
 
 
455 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.11 
 
 
207 aa  157  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  48.24 
 
 
455 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  48.24 
 
 
455 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  48.24 
 
 
455 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  48.24 
 
 
455 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0893  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.55 
 
 
227 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.52 
 
 
304 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.2 
 
 
330 aa  155  6e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  48.24 
 
 
220 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  48.92 
 
 
468 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.07 
 
 
243 aa  155  9e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1838  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.72 
 
 
185 aa  154  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.56 
 
 
264 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.9 
 
 
238 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382173  normal  0.0633983 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2121  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.93 
 
 
271 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.41 
 
 
242 aa  154  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.6 
 
 
231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.56 
 
 
200 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.77 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.51 
 
 
209 aa  152  4e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.82 
 
 
341 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.96 
 
 
205 aa  152  5e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.2 
 
 
264 aa  152  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.8 
 
 
210 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2605  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.81 
 
 
203 aa  150  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.97 
 
 
221 aa  150  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.79 
 
 
346 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.38 
 
 
342 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.79 
 
 
346 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.89 
 
 
300 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>