More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3090 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3090  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 
265 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.646333  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  61.98 
 
 
255 aa  318  5e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3901  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  61.34 
 
 
300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.463834  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0224  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  60.77 
 
 
259 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215269  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2661  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  60.7 
 
 
260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.642929  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1001  hypothetical protein  61.09 
 
 
260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.73 
 
 
271 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.75 
 
 
290 aa  219  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.6 
 
 
277 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.82 
 
 
276 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3219  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.84 
 
 
289 aa  212  5.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.29 
 
 
315 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0909  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.75 
 
 
285 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1210  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.62 
 
 
282 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  0.843697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.01 
 
 
276 aa  202  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.33 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.42 
 
 
281 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.85 
 
 
277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_004310  BR0620  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.81 
 
 
290 aa  199  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.316003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.81 
 
 
290 aa  199  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2373  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.96 
 
 
307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.77 
 
 
290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0440  uracil-DNA glycosylase  39.78 
 
 
275 aa  193  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.98 
 
 
278 aa  191  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.37 
 
 
273 aa  191  1e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  51.93 
 
 
274 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2659  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.57 
 
 
285 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.845005  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.21 
 
 
295 aa  188  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5420  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.53 
 
 
300 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4766  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.74 
 
 
309 aa  186  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4616  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.23 
 
 
334 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.259396  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4246  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.23 
 
 
323 aa  186  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.558315  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2189  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.04 
 
 
286 aa  185  6e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  37.3 
 
 
261 aa  178  8e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  42.29 
 
 
261 aa  171  1e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  45.9 
 
 
255 aa  167  1e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.32 
 
 
299 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0647  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.37 
 
 
289 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.268073 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.79 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.735603  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.73 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  44.68 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2166  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
272 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.832765  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.26 
 
 
255 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.81 
 
 
295 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.81 
 
 
205 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.73 
 
 
259 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.68 
 
 
245 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1126  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.33 
 
 
235 aa  156  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  43.41 
 
 
260 aa  155  6e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.21 
 
 
380 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.69 
 
 
235 aa  154  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.6 
 
 
263 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.93 
 
 
187 aa  152  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.85 
 
 
249 aa  152  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.04 
 
 
241 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1384  DNA polymerase  40.54 
 
 
302 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0442603  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.66 
 
 
195 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40.57 
 
 
433 aa  149  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  43.29 
 
 
233 aa  149  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1556  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.33 
 
 
230 aa  149  5e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.199846  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1656  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.45 
 
 
401 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00964982 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.45 
 
 
294 aa  148  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.89 
 
 
414 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.76 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  40.09 
 
 
455 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40.09 
 
 
220 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  40.09 
 
 
455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40.09 
 
 
455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40.09 
 
 
455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  40.09 
 
 
455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.06 
 
 
294 aa  146  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.05 
 
 
205 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.41 
 
 
209 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.32 
 
 
264 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  39.62 
 
 
468 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.26 
 
 
210 aa  145  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.71 
 
 
264 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  40.4 
 
 
264 aa  144  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  43.09 
 
 
292 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.39 
 
 
238 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382173  normal  0.0633983 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.18 
 
 
264 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0893  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.23 
 
 
227 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148707 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.02 
 
 
191 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.88 
 
 
243 aa  143  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.25 
 
 
264 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.18 
 
 
330 aa  142  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.63 
 
 
317 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4431  phage SPO1 DNA polymerase-like protein  41.18 
 
 
226 aa  142  5e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.696718  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.71 
 
 
341 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.67 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.858318  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01520  uracil-DNA glycosylase, family 4  42.22 
 
 
195 aa  140  3e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0226409 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2784  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.3 
 
 
211 aa  139  3.9999999999999997e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0335572 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.09 
 
 
231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.35 
 
 
345 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.35 
 
 
367 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.8 
 
 
186 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.51 
 
 
285 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2882  uracil-DNA glycosylase family 4 protein  39.2 
 
 
308 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.2 
 
 
308 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.934489  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.29 
 
 
346 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>