More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0647 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0647  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
289 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.268073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  59.45 
 
 
299 aa  348  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.97 
 
 
299 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.735603  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1384  DNA polymerase  54.46 
 
 
302 aa  293  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0442603  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0620  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.17 
 
 
290 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.316003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.17 
 
 
290 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0909  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.21 
 
 
285 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2659  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.25 
 
 
285 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.845005  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.91 
 
 
290 aa  205  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.86 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.01 
 
 
290 aa  198  7.999999999999999e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3219  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.59 
 
 
289 aa  198  7.999999999999999e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4246  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.74 
 
 
323 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.558315  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0440  uracil-DNA glycosylase  35.74 
 
 
275 aa  194  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1210  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.45 
 
 
282 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  0.843697 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.21 
 
 
277 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4616  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.69 
 
 
334 aa  185  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.259396  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.65 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2373  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.2 
 
 
307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.3 
 
 
278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.86 
 
 
301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.37 
 
 
281 aa  179  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.85 
 
 
276 aa  175  9e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5420  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.75 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  38.1 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4766  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.25 
 
 
309 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.25 
 
 
295 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.66 
 
 
277 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.27 
 
 
273 aa  163  3e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2189  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.81 
 
 
286 aa  162  7e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.25 
 
 
255 aa  155  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3090  uracil-DNA glycosylase  44.39 
 
 
265 aa  155  9e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.646333  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  30 
 
 
261 aa  155  1e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3901  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.89 
 
 
300 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.463834  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1285  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.61 
 
 
274 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  40.66 
 
 
255 aa  150  2e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  30.07 
 
 
261 aa  150  3e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0224  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.78 
 
 
259 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215269  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2166  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.82 
 
 
272 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.832765  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1001  hypothetical protein  42.78 
 
 
260 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2661  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.25 
 
 
260 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.642929  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.13 
 
 
271 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.43 
 
 
187 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.64 
 
 
210 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.31 
 
 
191 aa  126  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  35.91 
 
 
224 aa  125  7e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.43 
 
 
255 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.98 
 
 
294 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  32.73 
 
 
233 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.05 
 
 
273 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.858318  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36 
 
 
295 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.12 
 
 
264 aa  122  7e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.79 
 
 
205 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1126  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.08 
 
 
235 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.1 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.39 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.48 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.98 
 
 
186 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.69 
 
 
195 aa  120  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.17 
 
 
241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.41 
 
 
209 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.97 
 
 
264 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.8 
 
 
249 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.84 
 
 
196 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.52 
 
 
199 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2121  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.36 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.49 
 
 
264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36 
 
 
285 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.16 
 
 
231 aa  116  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2882  uracil-DNA glycosylase family 4 protein  36.99 
 
 
308 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.99 
 
 
308 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.934489  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  35 
 
 
292 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.44 
 
 
253 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2305  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.91 
 
 
192 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0147899 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.26 
 
 
294 aa  113  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.23 
 
 
209 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2161  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.27 
 
 
191 aa  113  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.336529  hitchhiker  0.000279236 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1948  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.75 
 
 
190 aa  113  5e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0365  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.69 
 
 
208 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.52 
 
 
194 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  33.52 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.76 
 
 
367 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.62 
 
 
193 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.76 
 
 
345 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.2 
 
 
414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1656  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.2 
 
 
401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00964982 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.68 
 
 
317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1556  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.02 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.199846  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  33.16 
 
 
220 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  33.16 
 
 
455 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.58 
 
 
336 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  33.16 
 
 
455 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.58 
 
 
346 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.58 
 
 
342 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.58 
 
 
346 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0333  hypothetical protein  32.04 
 
 
200 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.03 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0147  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.34 
 
 
202 aa  109  4.0000000000000004e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  33.54 
 
 
210 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.68 
 
 
341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>