More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4359 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
277 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  73.65 
 
 
276 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  73.63 
 
 
277 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1210  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  72.86 
 
 
282 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  0.843697 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3219  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  71.89 
 
 
289 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  69.13 
 
 
301 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  71.69 
 
 
274 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2373  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.4 
 
 
307 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0909  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.07 
 
 
285 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.61 
 
 
290 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.87 
 
 
281 aa  269  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.38 
 
 
290 aa  266  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0620  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.36 
 
 
290 aa  263  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.316003  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0619  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.36 
 
 
290 aa  263  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.28 
 
 
278 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5420  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.66 
 
 
300 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4246  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
323 aa  256  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.558315  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0440  uracil-DNA glycosylase  47.96 
 
 
275 aa  254  8e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4616  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  63.04 
 
 
334 aa  249  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.259396  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.12 
 
 
295 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4766  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  61.17 
 
 
309 aa  244  8e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2659  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.75 
 
 
285 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.845005  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.26 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.98 
 
 
273 aa  217  2e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2189  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.38 
 
 
286 aa  216  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  40.07 
 
 
261 aa  215  7e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  59.78 
 
 
276 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  39.78 
 
 
261 aa  211  7.999999999999999e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3061  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.24 
 
 
255 aa  203  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3901  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.08 
 
 
300 aa  202  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.463834  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40 
 
 
299 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3090  uracil-DNA glycosylase  54.14 
 
 
265 aa  193  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.646333  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.22 
 
 
255 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  48.11 
 
 
255 aa  192  4e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2661  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.85 
 
 
260 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.642929  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1001  hypothetical protein  53.3 
 
 
260 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  43.69 
 
 
224 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0647  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.03 
 
 
289 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.268073 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.44 
 
 
235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.39 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.735603  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0224  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.11 
 
 
259 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215269  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.59 
 
 
205 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.59 
 
 
295 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2166  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.7 
 
 
272 aa  176  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.832765  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.18 
 
 
245 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.41 
 
 
259 aa  176  5e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.69 
 
 
271 aa  176  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.78 
 
 
187 aa  175  8e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1384  DNA polymerase  42.01 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0442603  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.13 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.77 
 
 
210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.87 
 
 
294 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.27 
 
 
205 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.03 
 
 
380 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.45 
 
 
207 aa  170  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.98 
 
 
273 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.858318  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.84 
 
 
209 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.68 
 
 
209 aa  169  7e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  42.53 
 
 
233 aa  168  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1126  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.68 
 
 
235 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.45 
 
 
294 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.49 
 
 
205 aa  165  9e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.83 
 
 
285 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.26 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.24 
 
 
317 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  42.46 
 
 
210 aa  162  8.000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.1 
 
 
243 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.62 
 
 
195 aa  160  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.98 
 
 
241 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.96 
 
 
191 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1556  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.87 
 
 
230 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.199846  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.07 
 
 
242 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0893  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.27 
 
 
227 aa  159  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148707 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.13 
 
 
341 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.93 
 
 
264 aa  159  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  50 
 
 
433 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 
455 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.77 
 
 
186 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 
455 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  50 
 
 
455 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  50 
 
 
455 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 
455 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  50 
 
 
468 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.23 
 
 
346 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.23 
 
 
346 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.78 
 
 
345 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.23 
 
 
342 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.43 
 
 
330 aa  155  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  43.69 
 
 
292 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  49.25 
 
 
220 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.31 
 
 
238 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382173  normal  0.0633983 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.42 
 
 
264 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.23 
 
 
336 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.87 
 
 
414 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2605  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.44 
 
 
203 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.23 
 
 
367 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.78 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2893  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.03 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.260893  normal  0.720547 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.83 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1656  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.29 
 
 
401 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00964982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>