More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3108 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3108  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
189 aa  390  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2416  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  65.08 
 
 
190 aa  278  2e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3960  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.01 
 
 
191 aa  228  5e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300932  hitchhiker  0.00000000403692 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.47 
 
 
186 aa  226  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1838  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.07 
 
 
185 aa  224  4e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  60.8 
 
 
210 aa  223  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.97 
 
 
235 aa  200  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.97 
 
 
187 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
207 aa  187  8e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0893  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.54 
 
 
227 aa  186  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148707 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.2 
 
 
238 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382173  normal  0.0633983 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4431  phage SPO1 DNA polymerase-like protein  48.37 
 
 
226 aa  181  6e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.696718  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.6 
 
 
242 aa  180  9.000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.31 
 
 
195 aa  180  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000659964  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.95 
 
 
205 aa  177  5.999999999999999e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.71 
 
 
264 aa  176  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
205 aa  177  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.13 
 
 
264 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  45.2 
 
 
233 aa  175  4e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.41 
 
 
209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  46.63 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.18 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2121  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.71 
 
 
271 aa  170  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.56 
 
 
200 aa  170  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1369  putative DNA polymerase-related protein, bacteriophage-type  47.4 
 
 
292 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.424674  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.75 
 
 
295 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.75 
 
 
205 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.81 
 
 
245 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2161  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.28 
 
 
191 aa  168  5e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.336529  hitchhiker  0.000279236 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  48.54 
 
 
433 aa  167  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  47.95 
 
 
455 aa  167  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  47.95 
 
 
455 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  47.95 
 
 
455 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  47.95 
 
 
455 aa  167  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  47.95 
 
 
455 aa  167  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.15 
 
 
255 aa  167  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  47.95 
 
 
468 aa  167  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.39 
 
 
209 aa  167  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  47.95 
 
 
220 aa  166  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1234  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.55 
 
 
358 aa  166  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532559  normal  0.188562 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0936  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.86 
 
 
196 aa  166  2e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.13 
 
 
345 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.13 
 
 
367 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0147  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.07 
 
 
202 aa  165  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.86 
 
 
217 aa  164  5e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.13 
 
 
346 aa  164  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.13 
 
 
346 aa  164  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.13 
 
 
342 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2925  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.45 
 
 
259 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  46.47 
 
 
210 aa  163  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.95 
 
 
317 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.5 
 
 
264 aa  162  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.2 
 
 
341 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.69 
 
 
336 aa  161  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1656  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.78 
 
 
401 aa  160  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00964982 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2481  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.78 
 
 
414 aa  160  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  hitchhiker  0.000867118 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.62 
 
 
193 aa  159  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.62 
 
 
193 aa  159  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.62 
 
 
263 aa  159  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.32 
 
 
294 aa  158  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.03 
 
 
285 aa  157  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.02 
 
 
315 aa  157  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.67 
 
 
273 aa  156  1e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.51 
 
 
304 aa  156  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2605  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.31 
 
 
203 aa  155  3e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.71 
 
 
330 aa  155  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0440  uracil-DNA glycosylase  42.2 
 
 
275 aa  155  4e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.44 
 
 
243 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2882  uracil-DNA glycosylase family 4 protein  43.68 
 
 
308 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.68 
 
 
308 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.934489  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1983  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.57 
 
 
260 aa  154  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.643872 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2345  putative DNA polymerase  42.22 
 
 
274 aa  154  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191175  normal  0.189401 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.44 
 
 
380 aa  154  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.76 
 
 
277 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.22 
 
 
249 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0365  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.32 
 
 
208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1723  putative phage DNA polymerase  43.09 
 
 
213 aa  152  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.02 
 
 
294 aa  152  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.76 
 
 
300 aa  152  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.78 
 
 
290 aa  151  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1210  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.01 
 
 
282 aa  150  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216872  normal  0.843697 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2373  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.21 
 
 
307 aa  150  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01520  uracil-DNA glycosylase, family 4  38.92 
 
 
195 aa  150  1e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0226409 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0303  putative DNA polymerase-related protein  41.67 
 
 
260 aa  149  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440976  normal  0.0410762 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2671  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
253 aa  149  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.663672 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0119  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.96 
 
 
191 aa  150  2e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.38 
 
 
277 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.71 
 
 
305 aa  149  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2152  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.19 
 
 
241 aa  149  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1244  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.04 
 
 
221 aa  149  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0443  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.1 
 
 
281 aa  147  7e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.33 
 
 
273 aa  147  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.858318  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2596  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.8 
 
 
301 aa  147  8e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.213752 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1056  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.04 
 
 
196 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0795  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.68 
 
 
219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1297  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.02 
 
 
187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1228  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.71 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.3 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2784  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.13 
 
 
211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0335572 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.41 
 
 
199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>