More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0161 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
246 aa  496  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  73.47 
 
 
247 aa  376  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  80.27 
 
 
249 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  70.73 
 
 
252 aa  370  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  74.31 
 
 
254 aa  348  7e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  73.85 
 
 
254 aa  347  8e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  63.56 
 
 
251 aa  319  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  63.45 
 
 
246 aa  315  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.94 
 
 
251 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.27 
 
 
248 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.92 
 
 
247 aa  168  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.86 
 
 
248 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.86 
 
 
248 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.86 
 
 
248 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.86 
 
 
248 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.63 
 
 
248 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  37.04 
 
 
248 aa  164  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.45 
 
 
248 aa  162  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.04 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.01 
 
 
247 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.01 
 
 
247 aa  158  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  36.24 
 
 
257 aa  157  1e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.21 
 
 
247 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.8 
 
 
247 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  34.8 
 
 
263 aa  153  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.16 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.68 
 
 
250 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  36.36 
 
 
265 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.84 
 
 
250 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.57 
 
 
253 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.36 
 
 
252 aa  149  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.84 
 
 
250 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.84 
 
 
250 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.84 
 
 
248 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.41 
 
 
250 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.41 
 
 
250 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
284 aa  148  8e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.96 
 
 
513 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.43 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  35.68 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  38.53 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.43 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.43 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.43 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.94 
 
 
250 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
260 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 
249 aa  143  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
264 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.14 
 
 
248 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  37.95 
 
 
246 aa  142  6e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  34.94 
 
 
264 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  35.39 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  40.72 
 
 
260 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  33.87 
 
 
243 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  33.87 
 
 
243 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  37.61 
 
 
266 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  36.41 
 
 
246 aa  137  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  37.44 
 
 
264 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.47 
 
 
243 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  37.44 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  36.65 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
268 aa  136  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  35.27 
 
 
268 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  135  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 
247 aa  135  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.2 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  34.9 
 
 
265 aa  134  9e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  36.53 
 
 
264 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.85 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  34.47 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  32.79 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  32.79 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.79 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.79 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.13 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 
264 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  31.98 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.79 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  36.07 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.79 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  35.4 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 
260 aa  133  3e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>