54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1567 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  100 
 
 		 183 aa  357  4e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  55.8 
 
 		 183 aa  194  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  58.11 
 
 		 162 aa  175  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  42.86 
 
 		 202 aa  136  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  45.73 
 
 		 204 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  45.18 
 
 		 204 aa  134  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  51.37 
 
 		 186 aa  134  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  44.85 
 
 		 200 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  43.1 
 
 		 209 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  44.87 
 
 		 205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  45.51 
 
 		 201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  41.99 
 
 		 188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  47.62 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  49.32 
 
 		 171 aa  124  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  43.79 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  43.79 
 
 		 187 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  43.79 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  43.79 
 
 		 198 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  45.51 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  43.86 
 
 		 194 aa  115  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  44.91 
 
 		 205 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  45.45 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  34.52 
 
 		 186 aa  98.6  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  36.65 
 
 		 206 aa  98.2  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  36.88 
 
 		 194 aa  82.8  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  40.38 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  38.85 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  35.36 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  32.35 
 
 		 206 aa  57  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  33.13 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  28.4 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  31.93 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  31.36 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  28.4 
 
 		 519 aa  47  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  30.63 
 
 		 315 aa  46.6  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  35.44 
 
 		 234 aa  45.8  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1441  Rhomboid family protein  23.13 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2170  rhomboid family protein  25 
 
 		 183 aa  45.4  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000411867 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  27.22 
 
 		 487 aa  44.3  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  27.43 
 
 		 381 aa  43.9  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  27.22 
 
 		 487 aa  44.3  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  30.82 
 
 		 224 aa  43.9  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  28.66 
 
 		 204 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  29.14 
 
 		 327 aa  43.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.74 
 
 		 267 aa  43.1  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  32.1 
 
 		 303 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  26.54 
 
 		 225 aa  42.7  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  26.47 
 
 		 486 aa  42.4  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3691  hypothetical protein  28.91 
 
 		 237 aa  42  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 292 aa  42  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  36.25 
 
 		 282 aa  41.6  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  29.17 
 
 		 515 aa  41.6  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  32.22 
 
 		 570 aa  41.6  0.006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  53.12 
 
 		 224 aa  41.2  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>