112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_3033 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_3033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 225 aa  458  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  42.79 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6155  hypothetical protein  42.67 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  hitchhiker  0.000659717 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4684  hypothetical protein  41.82 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213112  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  44.09 
 
 		 236 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2259  hypothetical protein  43.75 
 
 		 190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.185149  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3506  hypothetical protein  44.96 
 
 		 135 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2951  hypothetical protein  42.86 
 
 		 145 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4254  hypothetical protein  44.96 
 
 		 136 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4105  hypothetical protein  41.22 
 
 		 135 aa  98.6  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0929325  normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0499  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  42.96 
 
 		 142 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein  35.66 
 
 		 147 aa  94.7  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.308526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3695  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  35.66 
 
 		 147 aa  94.7  9e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.164379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3627  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  35.66 
 
 		 147 aa  94.7  9e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.632085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0947  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  33.57 
 
 		 154 aa  94.4  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.011553  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0498  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  33 
 
 		 201 aa  89  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5621  hypothetical protein  35.66 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554881 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3095  hypothetical protein  34.64 
 
 		 164 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.929414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2051  hypothetical protein  33.11 
 
 		 146 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0320963  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1885  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.62 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00315064 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09680  Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  32.84 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.313838  normal  0.584509 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3292  flavin-nucleotide-binding protein-like protein  39.68 
 
 		 143 aa  78.2  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000330862  normal  0.034856 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2138  hypothetical protein  30.47 
 
 		 154 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.598479  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1183  hypothetical protein  34.11 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2134  hypothetical protein  30.71 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00539509  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3379  hypothetical protein  33.09 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1545  hypothetical protein  37.01 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0980761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0384  hypothetical protein  36.07 
 
 		 135 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0163229  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0393  hypothetical protein  36.07 
 
 		 135 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.831448  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0372  hypothetical protein  38.21 
 
 		 135 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.661086 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1083  hypothetical protein  33.33 
 
 		 139 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00152048  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1100  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  33.33 
 
 		 139 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.238295 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1111  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  33.33 
 
 		 139 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4928  hypothetical protein  34.17 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.52831  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1961  hypothetical protein  35.04 
 
 		 155 aa  72.8  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000972412  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4069  hypothetical protein  33.09 
 
 		 153 aa  71.2  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0633  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  32.58 
 
 		 140 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.429345  normal  0.0292132 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3638  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  28.36 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0952  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  30.58 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1800  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  31.01 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.468979  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10081  hypothetical protein  34.53 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.239804  normal  0.111783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0993  putative DNA-binding protein  32.31 
 
 		 140 aa  67.8  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2075  hypothetical protein  32.52 
 
 		 152 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000436269 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2085  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.06 
 
 		 156 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000125188 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3470  hypothetical protein  31.11 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.753379  normal  0.434423 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0261  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  35.48 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00900094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0982  hypothetical protein  27.07 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00175108 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0873  hypothetical protein  28.79 
 
 		 146 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2084  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  30.88 
 
 		 156 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000123288 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0999  hypothetical protein  37.59 
 
 		 135 aa  62  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1002  hypothetical protein  31.25 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.45242  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4835  hypothetical protein  34.13 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 127 aa  51.2  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04380  predicted flavin-nucleotide-binding protein  24.6 
 
 		 174 aa  50.1  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 105 aa  48.5  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6100  hypothetical protein  32.31 
 
 		 134 aa  48.5  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 208 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 218 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 206 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2525  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 156 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.537817  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 75 aa  45.8  0.0006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 83 aa  45.8  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 390 aa  45.4  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.06 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  42.19 
 
 		 204 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  41.67 
 
 		 154 aa  44.3  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 152 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0353  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  27.27 
 
 		 135 aa  44.7  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.934539  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  34.52 
 
 		 182 aa  43.9  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  29.2 
 
 		 145 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  40 
 
 		 428 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 106 aa  44.3  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  34.52 
 
 		 182 aa  43.9  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 142 aa  43.9  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0950  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00163253 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 128 aa  43.9  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 128 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 154 aa  44.3  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 85 aa  43.5  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 120 aa  42.7  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0841  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 129 aa  43.1  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000196105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 428 aa  43.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 78 aa  42.7  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 75 aa  42.7  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  30.77 
 
 		 143 aa  42.7  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 76 aa  42.7  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 256 aa  42.7  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0127  DNA-binding protein  35 
 
 		 104 aa  42.4  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.797375  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 		 245 aa  42.4  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 96 aa  42.4  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 74 aa  42.4  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>