150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2619 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_2619  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
137 aa  268  2e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227524 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  48.36 
 
 
130 aa  119  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.25 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.06 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.91 
 
 
139 aa  74.3  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.06 
 
 
109 aa  73.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.45 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.25 
 
 
115 aa  67  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.94 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35 
 
 
120 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.73 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.36 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.61 
 
 
117 aa  65.5  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4596  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.4 
 
 
124 aa  65.1  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  33.64 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.55 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.55 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.64 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.55 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
114 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.45 
 
 
124 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.55 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.55 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.93 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.23 
 
 
114 aa  61.2  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  34.23 
 
 
112 aa  60.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.73 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.03 
 
 
114 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.03 
 
 
114 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.71 
 
 
109 aa  60.1  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.71 
 
 
109 aa  60.1  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  34.82 
 
 
145 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.48 
 
 
110 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.93 
 
 
114 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1078  putative hydrogenase nickel incorporation protein  27.27 
 
 
171 aa  57.8  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0654843  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
119 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
115 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
119 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.68 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
112 aa  55.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.05 
 
 
114 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
130 aa  55.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
119 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  30 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.29 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.14 
 
 
117 aa  55.1  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2358  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.84 
 
 
132 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.859502  normal  0.0379693 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.01 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
128 aa  52.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
113 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.03 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.62 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.43 
 
 
121 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.28 
 
 
110 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.97 
 
 
110 aa  51.6  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.13 
 
 
114 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  28.04 
 
 
110 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  51.6  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  29.91 
 
 
110 aa  50.8  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.39 
 
 
121 aa  50.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
135 aa  50.4  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.78 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.18 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  29.46 
 
 
121 aa  50.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
115 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
123 aa  48.9  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
110 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  28.18 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  25.89 
 
 
121 aa  49.3  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.7 
 
 
117 aa  48.5  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
116 aa  48.5  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  33.65 
 
 
138 aa  48.1  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1312  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.79 
 
 
124 aa  47.8  0.00005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.183379  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
114 aa  47.4  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
117 aa  47.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.18 
 
 
128 aa  47.4  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  47  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  23.64 
 
 
113 aa  47  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  27.93 
 
 
116 aa  47  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.36 
 
 
116 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>