More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1471 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4120  vitamin K epoxide reductase  45.26 
 
 
847 aa  729    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0801  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.33 
 
 
849 aa  771    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1471  hypothetical protein  100 
 
 
830 aa  1666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1988  DNA polymerase 3, epsilon subunit  49.06 
 
 
870 aa  835    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2555  vitamin K epoxide reductase  48.22 
 
 
862 aa  788    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01480  DNA polymerase 3, epsilon subunit  50.54 
 
 
824 aa  859    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2738  Vitamin K epoxide reductase  42.24 
 
 
490 aa  343  1e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2743  Vitamin K epoxide reductase  49.71 
 
 
178 aa  193  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2752  vitamin K epoxide reductase  40.8 
 
 
177 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.44 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  31.44 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.44 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.44 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.44 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
307 aa  77  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.53 
 
 
346 aa  77  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.76 
 
 
313 aa  76.6  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
320 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.2 
 
 
302 aa  75.5  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107355  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.57 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  27.4 
 
 
724 aa  74.3  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  29.96 
 
 
319 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.57 
 
 
321 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  32.16 
 
 
318 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
307 aa  73.9  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  30.08 
 
 
328 aa  73.2  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.66 
 
 
349 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
327 aa  73.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
305 aa  73.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.9 
 
 
336 aa  73.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  26.58 
 
 
335 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
318 aa  72  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.17 
 
 
336 aa  72  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3031  O-antigen biosynthetic gene WbjF  25.87 
 
 
320 aa  72  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  26.55 
 
 
324 aa  71.2  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.26 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.92 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
320 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.36 
 
 
336 aa  70.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0255  UDP-glucose 4-epimerase  29.91 
 
 
344 aa  70.1  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
321 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
321 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  27.03 
 
 
680 aa  68.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  28.01 
 
 
303 aa  68.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.14 
 
 
336 aa  68.9  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.03 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  30.08 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
328 aa  67  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
329 aa  67.4  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
321 aa  67  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
361 aa  67.4  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  32.14 
 
 
347 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
321 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.71 
 
 
336 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1047  UDP-galactose 4-epimerase  29.41 
 
 
336 aa  66.6  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240501 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
335 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.65 
 
 
346 aa  66.6  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
321 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1831  hopanoid-associated sugar epimerase  34.16 
 
 
341 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
372 aa  67  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
335 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  34.32 
 
 
333 aa  66.2  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
335 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  32.43 
 
 
308 aa  66.6  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  26.14 
 
 
335 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0227  UDP-glucose 4-epimerase  26.8 
 
 
344 aa  66.6  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.86 
 
 
319 aa  66.2  0.000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  28.95 
 
 
318 aa  65.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
308 aa  65.9  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
347 aa  65.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  31.02 
 
 
334 aa  65.9  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  26.14 
 
 
335 aa  66.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
335 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0450  hypothetical protein  23.01 
 
 
404 aa  65.5  0.000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.184881  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3237  UDP-glucose 4-epimerase  29.92 
 
 
328 aa  65.5  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.218159  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  29.6 
 
 
341 aa  65.5  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
315 aa  65.5  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
314 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  28.65 
 
 
324 aa  65.1  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1753  UDP-glucose 4-epimerase  31.68 
 
 
339 aa  65.1  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0261532  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
340 aa  65.1  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  31.52 
 
 
332 aa  65.1  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.9 
 
 
357 aa  64.7  0.000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6351  hopanoid-associated sugar epimerase  32.74 
 
 
345 aa  64.7  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  26.1 
 
 
336 aa  64.7  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0776  nucleotide sugar epimerase  26.14 
 
 
306 aa  64.7  0.000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  27.5 
 
 
345 aa  64.7  0.000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.73 
 
 
301 aa  64.7  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
322 aa  64.3  0.000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3795  UDP-glucose 4-epimerase  28.05 
 
 
353 aa  64.7  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
340 aa  64.3  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4069  hypothetical protein  32.74 
 
 
363 aa  64.3  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487038  normal  0.116036 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.5 
 
 
344 aa  64.7  0.000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
281 aa  64.3  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1392  UDP-glucose 4-epimerase  25.87 
 
 
330 aa  64.3  0.000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  24.44 
 
 
336 aa  64.3  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0116  UDP-glucose 4-epimerase  33.73 
 
 
366 aa  64.3  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>