More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2316 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  71.18 
 
 		 466 aa  674    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  69.74 
 
 		 467 aa  669    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  100 
 
 		 480 aa  965    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0965913 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  66.1 
 
 		 472 aa  642    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  68.45 
 
 		 469 aa  626  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  67.74 
 
 		 470 aa  624  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  68.17 
 
 		 470 aa  626  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  67.74 
 
 		 480 aa  623  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  67.74 
 
 		 469 aa  622  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  67.31 
 
 		 469 aa  621  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  67.09 
 
 		 469 aa  624  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  66.03 
 
 		 469 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  66.81 
 
 		 470 aa  616  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.35 
 
 		 473 aa  615  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  66.74 
 
 		 469 aa  617  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  65.81 
 
 		 469 aa  609  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  66.03 
 
 		 469 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  61.52 
 
 		 772 aa  602  1.0000000000000001e-171  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  65.74 
 
 		 467 aa  599  1e-170  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  65.31 
 
 		 468 aa  601  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  64.67 
 
 		 468 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  65.03 
 
 		 470 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.1 
 
 		 468 aa  595  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  65.25 
 
 		 470 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.44 
 
 		 470 aa  596  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  62.96 
 
 		 722 aa  591  1e-168  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  62.98 
 
 		 472 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  61.32 
 
 		 471 aa  594  1e-168  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 473 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  63.89 
 
 		 469 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  62.98 
 
 		 475 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.95 
 
 		 469 aa  588  1e-167  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  62.98 
 
 		 475 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  62.69 
 
 		 468 aa  586  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  63.81 
 
 		 468 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  63.35 
 
 		 473 aa  585  1e-166  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  63.09 
 
 		 466 aa  583  1.0000000000000001e-165  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0216  isopropylmalate isomerase large subunit  62.34 
 
 		 480 aa  582  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.146559 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  62.16 
 
 		 481 aa  580  1e-164  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1921  isopropylmalate isomerase large subunit  62.82 
 
 		 469 aa  578  1e-164  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.724454  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.5 
 
 		 465 aa  578  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  60.68 
 
 		 471 aa  578  1e-164  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  63.11 
 
 		 470 aa  578  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  61.39 
 
 		 479 aa  581  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1921  isopropylmalate isomerase large subunit  62.69 
 
 		 481 aa  578  1e-164  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1967  isopropylmalate isomerase large subunit  62.69 
 
 		 481 aa  578  1e-164  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  62.53 
 
 		 481 aa  580  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1901  isopropylmalate isomerase large subunit  62.47 
 
 		 481 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.918864 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1343  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.58 
 
 		 470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444862 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  60.21 
 
 		 762 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0778  isopropylmalate isomerase large subunit  61.38 
 
 		 479 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000809283  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4273  isopropylmalate isomerase large subunit  63.17 
 
 		 477 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 470 aa  575  1.0000000000000001e-163  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2129  isopropylmalate isomerase large subunit  62.79 
 
 		 476 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  62.23 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.95 
 
 		 474 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  63.12 
 
 		 478 aa  577  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.21 
 
 		 471 aa  577  1.0000000000000001e-163  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  63.5 
 
 		 470 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  61.28 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1729  isopropylmalate isomerase large subunit  61.62 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.405505  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  61.34 
 
 		 465 aa  571  1.0000000000000001e-162  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1849  isopropylmalate isomerase large subunit  61.62 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0604506  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2454  isopropylmalate isomerase large subunit  61.83 
 
 		 469 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0296584  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0672  isopropylmalate isomerase large subunit  61.41 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00206744  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2316  isopropylmalate isomerase large subunit  61.83 
 
 		 469 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0520  isopropylmalate isomerase large subunit  61.62 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.643053  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3071  isopropylmalate isomerase large subunit  61.54 
 
 		 468 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  60.73 
 
 		 466 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1641  isopropylmalate isomerase large subunit  61.62 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.159625  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  59.91 
 
 		 472 aa  574  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08740  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.96 
 
 		 484 aa  568  1e-161  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000460564  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13003  isopropylmalate isomerase large subunit  61.72 
 
 		 473 aa  570  1e-161  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  60.52 
 
 		 466 aa  570  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4630  isopropylmalate isomerase large subunit  60.67 
 
 		 477 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2889  isopropylmalate isomerase large subunit  61.19 
 
 		 469 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  60.52 
 
 		 466 aa  570  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_24772  predicted protein  61.81 
 
 		 801 aa  570  1e-161  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1057  isopropylmalate isomerase large subunit  61.06 
 
 		 469 aa  569  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.960077  normal  0.219462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2164  isopropylmalate isomerase large subunit  62.98 
 
 		 479 aa  570  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6850  isopropylmalate isomerase large subunit  60.77 
 
 		 469 aa  569  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.670748 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4367  isopropylmalate isomerase large subunit  60.77 
 
 		 469 aa  565  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3579  isopropylmalate isomerase large subunit  60.98 
 
 		 469 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.482085  normal  0.399315 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2133  isopropylmalate isomerase large subunit  60.98 
 
 		 469 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0241304 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.11 
 
 		 486 aa  566  1e-160  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4418  isopropylmalate isomerase large subunit  60.98 
 
 		 469 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  60.34 
 
 		 466 aa  565  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  60.43 
 
 		 469 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68659  3-isopropylmalate dehydratase  59.66 
 
 		 770 aa  567  1e-160  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3949  isopropylmalate isomerase large subunit  60.98 
 
 		 469 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1779  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.8 
 
 		 467 aa  565  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00189563 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1180  isopropylmalate isomerase large subunit  63.73 
 
 		 480 aa  561  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>