45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_19640 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_19640  site-specific recombinase XerD  100 
 
 		 324 aa  649    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0211169  normal  0.0437808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4561  hypothetical protein  47.44 
 
 		 311 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.0028561  normal  0.0291759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7182  hypothetical protein  47.99 
 
 		 289 aa  246  4.9999999999999997e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.365154  normal  0.0722414 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4226  RNA polymerase sigma factor containing a TPR repeat domain-like protein  39.26 
 
 		 680 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  0.0144943 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0869  putative RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.23 
 
 		 651 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.456252  normal  0.192635 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5207  hypothetical protein  31.84 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.284913  normal  0.803536 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4666  hypothetical protein  41.51 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0930389 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  25.26 
 
 		 307 aa  53.1  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1703  phage integrase  25.58 
 
 		 285 aa  52.8  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.06 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.36 
 
 		 311 aa  48.9  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1689  integrase family protein  29.66 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0836065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  29.63 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  29.95 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1863  integrase family protein  33.78 
 
 		 347 aa  47  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.831424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  27.87 
 
 		 293 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  25.43 
 
 		 291 aa  46.6  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 300 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  27.78 
 
 		 307 aa  46.2  0.0007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0004  phage integrase family site specific recombinase  29.21 
 
 		 336 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  27.78 
 
 		 307 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  25.15 
 
 		 310 aa  45.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  25.49 
 
 		 324 aa  45.8  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  26.88 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  27 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3995  integrase family protein  30.24 
 
 		 311 aa  44.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  27 
 
 		 313 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  27.57 
 
 		 307 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 346 aa  43.9  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0196  integrase family protein  27.27 
 
 		 328 aa  44.3  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000565414 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  24.42 
 
 		 302 aa  44.3  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  25.73 
 
 		 313 aa  43.9  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  26.42 
 
 		 297 aa  43.5  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1015  integrase/recombinase XerC, putative  28.63 
 
 		 336 aa  43.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0586  site-specific recombinase, phage integrase family  28.63 
 
 		 336 aa  43.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243719  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.83 
 
 		 314 aa  43.1  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  25.83 
 
 		 313 aa  42.7  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 311 aa  42.7  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.66 
 
 		 294 aa  42.7  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2651  integrase/recombinase  25.91 
 
 		 320 aa  42.4  0.01  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.178628 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  30.63 
 
 		 222 aa  42.4  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>