More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06100 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
313 aa  620  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.48 
 
 
296 aa  343  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.54 
 
 
302 aa  277  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.36 
 
 
293 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.04 
 
 
298 aa  257  2e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.19 
 
 
319 aa  238  1e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
285 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.46 
 
 
284 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.88 
 
 
287 aa  225  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4330  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.29 
 
 
298 aa  223  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  47.75 
 
 
304 aa  222  7e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.33 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49 
 
 
287 aa  220  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.44 
 
 
301 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.18 
 
 
321 aa  217  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.88 
 
 
284 aa  215  5.9999999999999996e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
294 aa  215  8e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
294 aa  215  8e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.78 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.16 
 
 
300 aa  209  5e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.57 
 
 
285 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.1 
 
 
277 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
294 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.59 
 
 
278 aa  202  8e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.82 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09030  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0104507  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.14 
 
 
288 aa  200  3e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.06 
 
 
283 aa  199  7e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.92 
 
 
281 aa  198  7.999999999999999e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.72 
 
 
285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4736  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.16 
 
 
274 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.377015  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.79 
 
 
287 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
261 aa  192  5e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.82 
 
 
292 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.35 
 
 
301 aa  192  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.14 
 
 
296 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.89 
 
 
280 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
292 aa  191  1e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.98 
 
 
279 aa  191  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.54 
 
 
296 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.04 
 
 
288 aa  189  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
288 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
310 aa  188  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.46 
 
 
282 aa  188  8e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
270 aa  187  1e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.36 
 
 
314 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
291 aa  187  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.86 
 
 
296 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.21 
 
 
295 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.91 
 
 
301 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.79 
 
 
284 aa  186  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.23 
 
 
281 aa  186  5e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.96 
 
 
296 aa  186  6e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
286 aa  186  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
287 aa  185  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.35 
 
 
288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.57 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.28 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.06 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.15 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.21 
 
 
284 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.51 
 
 
299 aa  183  3e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.18 
 
 
303 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.61 
 
 
291 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
284 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.58 
 
 
270 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
461 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.13 
 
 
290 aa  182  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.88 
 
 
296 aa  182  8.000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
283 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.12 
 
 
284 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.45 
 
 
306 aa  181  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
291 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.26 
 
 
295 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
280 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.02 
 
 
291 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.93 
 
 
286 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
286 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.58 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.69 
 
 
305 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.73 
 
 
287 aa  179  4e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.57 
 
 
283 aa  179  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2559  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
281 aa  179  4.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.742057  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.45 
 
 
284 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.16 
 
 
299 aa  178  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.35 
 
 
280 aa  178  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.49 
 
 
283 aa  178  1e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.42 
 
 
306 aa  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.38 
 
 
278 aa  177  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.55 
 
 
293 aa  177  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>