More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1428 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1428  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
320 aa  629  1e-179  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0342583 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1392  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  90.48 
 
 
325 aa  558  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0423868 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1222  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.96 
 
 
290 aa  179  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.312704  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3522  amino acid ABC transporter permease  39.42 
 
 
293 aa  168  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0534138  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.37 
 
 
292 aa  168  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.583143  normal  0.038619 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.69 
 
 
301 aa  161  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3971  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.22 
 
 
291 aa  161  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36850  amino acid ABC transporter membrane protein  36.91 
 
 
288 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0547635  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27730  amino acid ABC transporter membrane protein  35.58 
 
 
287 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.947146  normal  0.303953 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2204  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.4 
 
 
296 aa  150  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.54 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.292475  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30060  amino acid ABC transporter membrane protein  32.29 
 
 
277 aa  146  5e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22710  amino acid ABC transporter membrane protein  34.94 
 
 
297 aa  145  8.000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3991  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.48 
 
 
307 aa  145  9e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.824823  normal  0.27555 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1591  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.62 
 
 
313 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2804  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.86 
 
 
279 aa  144  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0823184  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2425  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.89 
 
 
291 aa  143  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1495  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.66 
 
 
282 aa  142  7e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3986  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  33.23 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15450  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine family  33.85 
 
 
295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00524032  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1788  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.49 
 
 
298 aa  140  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0789  ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
361 aa  138  1e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3289  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.44 
 
 
343 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00752941  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1122  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  36.96 
 
 
288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.71976  normal  0.228753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1451  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.24 
 
 
290 aa  135  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.52 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.446629  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6296  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.03 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0936816  normal  0.134571 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0023  amino acid ABC transporter permease  35.93 
 
 
366 aa  134  3e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.642862  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2140  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.57 
 
 
292 aa  132  6e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0028843 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2153  amino acid ABC transporter permease  38.57 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2199  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.57 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300415  normal  0.0164217 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2220  ABC-type amino acid transport system permease component-like protein  35.39 
 
 
312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2524  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.01 
 
 
279 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729113 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1244  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.12 
 
 
294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0807  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  32.74 
 
 
327 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.958896  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4389  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.06 
 
 
266 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223267  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  36.06 
 
 
596 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2808  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.62 
 
 
216 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0893  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.51 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.879249  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.06 
 
 
596 aa  116  6e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.59 
 
 
216 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0678  amino acid ABC transporter, permease protein  33.79 
 
 
214 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.47 
 
 
598 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0553  glutamine ABC transporter permease  34.7 
 
 
214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4660  amino acid ABC transporter, permease protein  34.25 
 
 
214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.084926  hitchhiker  1.97521e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0609  amino acid ABC transporter permease  34.7 
 
 
214 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00355475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0554  glutamine ABC transporter permease  34.7 
 
 
214 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.282364  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0642  amino acid ABC transporter permease  34.7 
 
 
214 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00728334  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.16 
 
 
596 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0771  amino acid ABC transporter, permease protein  34.25 
 
 
214 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0699  amino acid ABC transporter, permease protein  34.56 
 
 
214 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.36 
 
 
240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1388  amino acid ABC transporter permease  31.52 
 
 
228 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.527721  normal  0.839592 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.25 
 
 
214 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.86 
 
 
215 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.79 
 
 
214 aa  109  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1514  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
217 aa  109  6e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0710  amino acid ABC transporter, permease protein  33.18 
 
 
214 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2914  glutamine ABC transporter, permease protein  35.39 
 
 
246 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3754  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.87 
 
 
266 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6370  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.38 
 
 
252 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.357805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2586  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.8 
 
 
256 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  37.5 
 
 
501 aa  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.73 
 
 
216 aa  106  5e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0342  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.59 
 
 
219 aa  105  9e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05400  amino acid ABC transporter transmembrane protein  31.38 
 
 
248 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.669152 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.57 
 
 
217 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0248  amino acid ABC transporter permease  38.46 
 
 
396 aa  105  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.53 
 
 
216 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.27 
 
 
221 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2259  amino acid ABC transporter transmembrane protein  37.74 
 
 
230 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  36.76 
 
 
319 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1570  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.72 
 
 
219 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.324967 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2071  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.74 
 
 
230 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.74 
 
 
230 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.73 
 
 
214 aa  103  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00418  ABC-type amino acid transport system permease component  28.81 
 
 
246 aa  103  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0692  amino acid ABC transporter permease  36.69 
 
 
230 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.678846 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0531  ABC-type amino acid transport system, permease component  35.33 
 
 
216 aa  102  8e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0001634 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  30.88 
 
 
237 aa  102  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.61 
 
 
220 aa  102  9e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438499  normal  0.203188 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0894  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  31.4 
 
 
250 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.305674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4923  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.14 
 
 
226 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235984 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
268 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3585  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.06 
 
 
370 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124678  normal  0.0322156 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0998  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  31.4 
 
 
250 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0474623  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0927  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  31.4 
 
 
250 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0060542  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1045  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.02 
 
 
215 aa  101  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  31.76 
 
 
216 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.44 
 
 
217 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2588  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.57 
 
 
221 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449362  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0167  amino acid ABC transporter permease  29.69 
 
 
251 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0122  amino acid ABC transporter permease  28.43 
 
 
369 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.59 
 
 
218 aa  100  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  34.48 
 
 
736 aa  100  4e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  28.45 
 
 
714 aa  100  5e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4550  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.12 
 
 
365 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1595  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.97 
 
 
271 aa  99.8  6e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.500436  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2021  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.7 
 
 
337 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.871277  normal  0.573389 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0906  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.12 
 
 
365 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>