44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5871 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5871  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  623  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.789532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5416  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  46.18 
 
 		 283 aa  264  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.221202  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6468  hypothetical protein  45.99 
 
 		 281 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4462  hypothetical protein  44.95 
 
 		 281 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0193122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1248  hypothetical protein  51.32 
 
 		 284 aa  242  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0789553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2081  hypothetical protein  51.75 
 
 		 278 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119001 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1705  hypothetical protein  51.72 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0851207  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5432  phenylpropionate dioxygenase  43.92 
 
 		 288 aa  239  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1234  hypothetical protein  48.71 
 
 		 286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0239219  normal  0.493228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2067  hypothetical protein  42.66 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0156668 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3148  hypothetical protein  44.14 
 
 		 288 aa  228  7e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.282075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.84 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.1 
 
 		 373 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  36.15 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  27.88 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3567  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.67 
 
 		 344 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.1 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  25.62 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2034  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.64 
 
 		 400 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.967449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.69 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.69 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  28.69 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  25.41 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.1 
 
 		 371 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  23.08 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  23.29 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3968  Rieske (2Fe-2S) domain protein  22.38 
 
 		 360 aa  53.9  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0886212  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  21.91 
 
 		 364 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  26.18 
 
 		 345 aa  52.8  0.000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1261  hypothetical protein  33.67 
 
 		 340 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5685  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.19 
 
 		 353 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0319041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.07 
 
 		 337 aa  49.7  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  25.2 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0217  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  23.61 
 
 		 437 aa  46.6  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.71 
 
 		 357 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2037  Rieske (2Fe-2S) domain protein  22.71 
 
 		 357 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.950553  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1096  Rieske (2Fe-2S) domain protein  22.73 
 
 		 357 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0810231  normal  0.184537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 		 341 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  23.79 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2106  hypothetical protein  30.1 
 
 		 349 aa  43.5  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.588734  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2051  hypothetical protein  30.1 
 
 		 347 aa  43.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0280  Rieske (2Fe-2S) protein  24.62 
 
 		 351 aa  43.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  29.35 
 
 		 346 aa  43.5  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.77 
 
 		 358 aa  42.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>