126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4761 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4761  sodium/calcium exchanger membrane region  100 
 
 
357 aa  692    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.788461  normal  0.198903 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1175  sodium/calcium exchanger membrane region  40.94 
 
 
348 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.606796  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1223  Sodium/calcium exchanger membrane region  29.71 
 
 
339 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3907  sodium/calcium exchanger membrane region  31.44 
 
 
341 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.93815 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0274  sodium/calcium exchanger membrane region  26.49 
 
 
343 aa  129  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1499  sodium/calcium exchanger membrane region  26.07 
 
 
339 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1450  sodium/calcium exchanger membrane region  31.44 
 
 
355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.879027  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4299  sodium/calcium exchanger membrane region  31.91 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2147  sodium/calcium exchanger membrane region  30.29 
 
 
335 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000206707 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1133  sodium/calcium exchanger membrane protein  28.75 
 
 
334 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000089866  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6944  sodium/calcium exchanger membrane region  26.98 
 
 
315 aa  105  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0850  cation transporter, putative  30.09 
 
 
340 aa  103  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.495798  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3080  sodium/calcium exchanger membrane protein  28.44 
 
 
334 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.036167  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3609  sodium/calcium exchanger membrane region  30.59 
 
 
336 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.722589 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2983  sodium/calcium exchanger membrane region  29.41 
 
 
334 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.39585  normal  0.0260778 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1122  sodium/calcium exchanger membrane region  28 
 
 
338 aa  97.8  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12780  Ca2+/Na+ antiporter  25.95 
 
 
345 aa  96.3  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.63097  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1849  sodium/calcium exchanger membrane region  27.65 
 
 
361 aa  93.6  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.353414 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0449  sodium/calcium exchanger membrane region  26.63 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589797  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0538  sodium/calcium exchanger membrane region  26.59 
 
 
347 aa  91.3  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.367585  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3831  cation antiporter (Na+/Ca2+)  28.7 
 
 
334 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.151042 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0501  Ca2+/H+ antiporter  27.36 
 
 
338 aa  86.3  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0384  sodium/calcium exchanger membrane region  26.47 
 
 
336 aa  82  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2093  sodium/calcium exchanger protein  25.23 
 
 
343 aa  79.3  0.00000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0181  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  29.14 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00253398  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0430  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.64 
 
 
348 aa  67  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1817  calcium/proton exchanger  25.08 
 
 
331 aa  63.9  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.378438  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3173  putative sodium/calcium exchanger protein  24.34 
 
 
331 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.222381  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1078  sodium/calcium exchange protein  26.97 
 
 
323 aa  61.6  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00151135  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2051  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  26.97 
 
 
324 aa  60.5  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1536  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.7 
 
 
331 aa  58.5  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.153216  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2103  hypothetical protein  26.12 
 
 
332 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3670  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.46 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000078626 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0549  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.14 
 
 
324 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.240591 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0308  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  25.49 
 
 
309 aa  57.8  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2279  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.78 
 
 
350 aa  57.4  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0447  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.69 
 
 
324 aa  56.2  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.597372  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1147  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.69 
 
 
324 aa  56.2  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0511  putative calcium/sodium:proton antiporter  24.69 
 
 
324 aa  56.2  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20130  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  25.31 
 
 
356 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1368  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.37 
 
 
324 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.517687  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06231  CaCA family sodium/calcium exchanger  24.03 
 
 
364 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.379015  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4361  putative calcium/sodium:proton antiporter  25.46 
 
 
325 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.17672  normal  0.104496 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2262  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  25.56 
 
 
328 aa  54.7  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.436095  normal  0.508366 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0004  putative CaCA family sodium/calcium exchanger  24.18 
 
 
364 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0741  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.92 
 
 
314 aa  53.9  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000278551  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0950  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.33 
 
 
307 aa  53.9  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0977  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.93 
 
 
329 aa  53.5  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3809  putative calcium/sodium:proton antiporter  22.49 
 
 
320 aa  53.5  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112683  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5993  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  22.54 
 
 
322 aa  53.1  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0831  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.3 
 
 
314 aa  52.8  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00973668  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2414  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.09 
 
 
332 aa  52.8  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0659124 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0851  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.75 
 
 
364 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002408  YrbG protein  23.44 
 
 
321 aa  52  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.411327  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1799  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  24.9 
 
 
326 aa  52.8  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0562  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.04 
 
 
320 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1188  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.36 
 
 
325 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354687  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2006  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.85 
 
 
324 aa  51.6  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06321  CaCA family sodium/calcium exchanger  24.38 
 
 
359 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0194  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.66 
 
 
320 aa  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.163392  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1369  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.88 
 
 
326 aa  51.2  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3625  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  25.27 
 
 
326 aa  51.2  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05721  CaCA family sodium/calcium exchanger  25.29 
 
 
360 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.269845  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03187  sodium-calcium exchanger  23.13 
 
 
318 aa  51.2  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03659  hypothetical protein  23.44 
 
 
321 aa  50.4  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0372  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  35.96 
 
 
365 aa  50.8  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0504  sodium/calcium exchanger protein  23.97 
 
 
322 aa  50.4  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0778  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  28.02 
 
 
329 aa  50.1  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.020554  normal  0.0984265 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3082  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  22.91 
 
 
320 aa  49.7  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3399  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.43 
 
 
325 aa  49.3  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1317  sodium/calcium exchanger membrane region  21.61 
 
 
343 aa  49.3  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1742  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  22.83 
 
 
325 aa  48.9  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0365853  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2409  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  26.04 
 
 
339 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0267872  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3438  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  24.11 
 
 
310 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.852406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0732  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25 
 
 
323 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2477  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  27.78 
 
 
334 aa  48.1  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0302192  normal  0.536733 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0330  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  25.25 
 
 
310 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0502313 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0903  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  28.22 
 
 
316 aa  48.5  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301766  normal  0.251972 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0590  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.48 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1155  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.28 
 
 
320 aa  47.8  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0541377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4537  putative sodium/calcium exchanger protein  25.48 
 
 
326 aa  47.4  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0890  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  21.71 
 
 
358 aa  47.4  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000303038  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3883  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.9 
 
 
307 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.150856  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2992  sodium/calcium exchanger membrane region  29.51 
 
 
274 aa  46.6  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0192504  normal  0.0940399 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0509  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  22.88 
 
 
324 aa  46.6  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0272  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  25 
 
 
358 aa  47  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1116  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  24.58 
 
 
367 aa  46.2  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.47681  normal  0.852669 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4477  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  32.32 
 
 
343 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0360  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family protein  23.44 
 
 
309 aa  45.8  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3815  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.02 
 
 
316 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1962  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  24.12 
 
 
323 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4216  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  29.31 
 
 
352 aa  45.8  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3635  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  23.76 
 
 
316 aa  46.2  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000393256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0474  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  23.27 
 
 
367 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1854  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  23.77 
 
 
322 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0304514  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06241  CaCA family sodium/calcium exchanger  24.27 
 
 
359 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4649  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  31.31 
 
 
328 aa  45.1  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.168713  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1591  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  21.31 
 
 
318 aa  45.1  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0780094  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4588  CaCA family Na(+)/Ca(+) antiporter  22.36 
 
 
310 aa  45.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.902154  unclonable  0.0000000219309 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3841  Na+/Ca+ antiporter, CaCA family  25.27 
 
 
357 aa  45.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>