More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3841 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3841  regulatory protein LacI  100 
 
 		 332 aa  653    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.627459 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0673  regulatory protein, LacI  52.54 
 
 		 341 aa  288  8e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.371597  normal  0.192843 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4528  LacI family transcription regulator  47.89 
 
 		 360 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3954  regulatory protein LacI  43.94 
 
 		 335 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.226118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4014  regulatory protein LacI:Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.94 
 
 		 335 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0637146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3845  transcriptional regulator, LacI-family  43.64 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.587178  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3910  regulatory protein LacI:Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.64 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.83437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3832  regulatory protein LacI:Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.64 
 
 		 335 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0370934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4733  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.396374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0809  transcriptional regulator, LacI family  34.33 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2322  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.131448  normal  0.0414369 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4547  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2555  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 		 369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.679604  normal  0.216267 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3847  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0989  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 342 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1554  LacI family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6174  transcriptional regulator, LacI-family  29.33 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.345814 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3075  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.494184  normal  0.554684 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.63 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 339 aa  96.3  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0307  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 337 aa  92.8  7e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.211089  normal  0.109292 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0909  LacI family transcription regulator  28.86 
 
 		 338 aa  92.8  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  30.37 
 
 		 358 aa  92.4  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  28.73 
 
 		 362 aa  91.7  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 		 358 aa  89.7  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  27.63 
 
 		 337 aa  89.4  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  28.86 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  28.23 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  26.24 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3594  transcriptional regulator, LacI family  28.23 
 
 		 339 aa  86.3  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2612  transcriptional regulator, LacI family  27.17 
 
 		 342 aa  86.3  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.109106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29310  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  27.68 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 328 aa  83.6  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.88 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3637  transcriptional regulator, LacI family  28.87 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.591725  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  26.19 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 473 aa  83.2  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  25.35 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.6 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  25.74 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1296  LacI family transcription regulator  29.11 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4021  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613602  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0736  transcriptional regulator, LacI family  30.31 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.585027  normal  0.948547 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6588  LacI family transcription regulator  28.87 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3585  LacI family transcription regulator  23.89 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000546261  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  27.25 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  26.45 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 347 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3623  LacI family transcription regulator  27.57 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.039372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  29.2 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 353 aa  79.7  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.63 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5334  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.431046 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.91 
 
 		 336 aa  79  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  29.97 
 
 		 346 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.48 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.848461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  28.19 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1846  LacI family transcription regulator  24.05 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5012  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  29.73 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3721  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  26.3 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2405  LacI family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.475476 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0588  LacI family transcription regulator  27.08 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.979882  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  29.79 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  26.3 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1038  Alanine racemase  27.84 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.255953  normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2169  transcriptional regulator, LacI family  27.7 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0527  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  27.08 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4934  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.129155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3061  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.111004  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  28.06 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.79 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  25.07 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1069  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  26.79 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.209088 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.53 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0058  LacI family transcription regulator  30.31 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  30.72 
 
 		 353 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  29.12 
 
 		 339 aa  75.9  0.0000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 345 aa  75.9  0.0000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  24.69 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11680  transcriptional regulator  28.16 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2877  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0137169 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0128  transcriptional regulator, LacI family  29.65 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.531775 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14780  transcriptional regulator  26.84 
 
 		 355 aa  74.7  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.684849  normal  0.111834 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  23.53 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  27.89 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>