More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2949 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2949  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  598  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.45 
 
 
312 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.746865  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.14 
 
 
312 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3986  putative ABC transporter (permease protein)  61.13 
 
 
313 aa  340  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.8 
 
 
315 aa  313  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
309 aa  257  1e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.43514  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
328 aa  231  1e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3250  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  42.6 
 
 
310 aa  228  7e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11550  carbohydrate ABC transporter membrane protein  44.59 
 
 
354 aa  223  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.0144146 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
332 aa  223  4e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2071  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
345 aa  217  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000672298  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
330 aa  217  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.21265 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000181172  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
338 aa  199  6e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.786552  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  37.42 
 
 
350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.29 
 
 
338 aa  195  7e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.335951  normal  0.466485 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
299 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
296 aa  178  8e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
300 aa  177  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.454536  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
291 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
293 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0557  ABC transporter, permease protein  36.7 
 
 
308 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0541  ABC transporter, permease protein  36.7 
 
 
308 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
295 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
300 aa  169  8e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0038089  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
308 aa  167  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.732084 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
317 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.143445 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
317 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2695  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.179346  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
319 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
295 aa  166  4e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
299 aa  165  8e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.276283  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
290 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1304  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  34.57 
 
 
334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00913134  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4576  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00748515 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
312 aa  162  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
316 aa  162  7e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.194369 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
307 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
307 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
307 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  34.33 
 
 
307 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
325 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351015  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
302 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
314 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
313 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.32687 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2010  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  33.22 
 
 
318 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360583  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  hitchhiker  0.000205378 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28370  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.62 
 
 
287 aa  157  2e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096742  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 
294 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180469  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
320 aa  157  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.305055  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2103  ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 
296 aa  156  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.512676  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
306 aa  155  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
303 aa  155  6e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.013229  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5738  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.08 
 
 
302 aa  155  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0678785  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
275 aa  155  8e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
291 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.01 
 
 
294 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.493427  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
313 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  35.09 
 
 
305 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3195  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142654 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
319 aa  153  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
318 aa  151  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29330  permease component of ABC-type sugar transporter  32.84 
 
 
321 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  35.58 
 
 
322 aa  151  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1183  ABC transporter, permease protein  34.21 
 
 
307 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101432  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
320 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.253823  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
292 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2817  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  34.21 
 
 
307 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
352 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
293 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259426  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
297 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
289 aa  150  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
294 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4017  carbohydrate ABC transporter permease  33.21 
 
 
294 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3574  carbohydrate ABC transporter permease  33.21 
 
 
294 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
314 aa  149  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000089983 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  34.78 
 
 
288 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
291 aa  148  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.216687  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
353 aa  148  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  31.83 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.10809  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  33.95 
 
 
293 aa  147  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4160  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.255761  normal  0.778964 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>