More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_33130 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_33130  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 361 aa  712    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.260263  normal  0.79569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3319  transcriptional regulator, LacI family  72.26 
 
 		 337 aa  458  9.999999999999999e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.419074  normal  0.0675752 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3001  transcriptional regulator, LacI family  74.7 
 
 		 343 aa  456  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1983  transcriptional regulator, LacI family  70.18 
 
 		 345 aa  439  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.597613  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0461  transcriptional regulator, LacI family  66.98 
 
 		 353 aa  435  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.686839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  65.29 
 
 		 344 aa  431  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2659  transcriptional regulator, LacI family  60.79 
 
 		 339 aa  389  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.34431  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  58.79 
 
 		 340 aa  382  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1824  transcriptional regulator, LacI family  58.91 
 
 		 347 aa  382  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.021809  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2344  transcriptional regulator, LacI family  61.09 
 
 		 349 aa  381  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6831  LacI family transcription regulator  57.19 
 
 		 337 aa  360  3e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  54.88 
 
 		 344 aa  338  9e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3338  transcriptional regulator, LacI family  53.5 
 
 		 341 aa  306  4.0000000000000004e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.680798  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  52.91 
 
 		 337 aa  305  6e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0549  Alanine racemase  55.42 
 
 		 340 aa  305  6e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4877  transcriptional regulator, LacI family  49.54 
 
 		 346 aa  295  6e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00304627  normal  0.857214 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1873  LacI family response repressor  44.02 
 
 		 368 aa  295  6e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.845568  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  49.56 
 
 		 348 aa  291  1e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4933  transcriptional regulator, LacI family  50.76 
 
 		 339 aa  288  8e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0794709  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3985  transcriptional regulator, LacI family  50.3 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.610149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1825  transcriptional regulator, LacI family  49.7 
 
 		 346 aa  263  4.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.319362  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23440  transcriptional regulator, LacI family  45.1 
 
 		 350 aa  260  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.769589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.74 
 
 		 350 aa  255  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0355372 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3482  Alanine racemase  45.96 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0091  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 		 346 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0181  transcriptional regulator, LacI family  44.51 
 
 		 341 aa  230  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000844091 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0193  transcriptional regulator, LacI family  41.71 
 
 		 340 aa  229  4e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30450  transcriptional regulator  47 
 
 		 349 aa  228  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.158752  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  40.84 
 
 		 353 aa  222  8e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  38.84 
 
 		 351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0069  transcriptional regulator, LacI family  40.61 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0819  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 348 aa  205  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.22 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01670  transcriptional regulator  37.65 
 
 		 348 aa  201  9.999999999999999e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 368 aa  199  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0502  transcriptional regulator, LacI family  38.28 
 
 		 344 aa  195  1e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0979375 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  38.55 
 
 		 331 aa  192  1e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.4 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  39.53 
 
 		 342 aa  189  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.63 
 
 		 330 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  40.18 
 
 		 341 aa  187  3e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  38.28 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  37.87 
 
 		 341 aa  186  8e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 341 aa  186  8e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 335 aa  185  9e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  40.64 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.13 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0113  transcriptional regulator, LacI family  38.15 
 
 		 350 aa  182  7e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 339 aa  182  7e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.44 
 
 		 347 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.17 
 
 		 353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.03 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  30.54 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  36.98 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 342 aa  178  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.14 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  38.05 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.54 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.53 
 
 		 331 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  30.24 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.84 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  30.24 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  30.24 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 335 aa  175  9e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30.24 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.24 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.93 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.13 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.68 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  29.94 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  29.94 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  35.45 
 
 		 337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.41 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.05 
 
 		 333 aa  172  6.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.22 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.54 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.6 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 342 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.64 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2720  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.687845  normal  0.476409 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.41 
 
 		 341 aa  170  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.04 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.04 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>