More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3103 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 145 aa  300  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  95.17 
 
 		 145 aa  290  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  95.17 
 
 		 145 aa  289  9e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  73.1 
 
 		 145 aa  214  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  63.36 
 
 		 147 aa  176  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  59.54 
 
 		 154 aa  170  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  58.78 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  56.49 
 
 		 157 aa  161  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 164 aa  157  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 162 aa  154  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  51.15 
 
 		 159 aa  149  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 138 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 159 aa  140  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 149 aa  137  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 152 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 152 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 171 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 171 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 155 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 143 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 156 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  46.56 
 
 		 152 aa  128  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 162 aa  128  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 149 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 149 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 149 aa  122  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  45.04 
 
 		 152 aa  122  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 137 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  44.27 
 
 		 152 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 117 aa  77  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  36.75 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  38.53 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 158 aa  70.1  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 158 aa  70.1  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  40.43 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  46.88 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  39.22 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1943  transcriptional regulator of MerR family protein  38.24 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.555422  normal  0.0105773 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  46.88 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  46.27 
 
 		 159 aa  67  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 138 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 138 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 138 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 138 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  35.16 
 
 		 129 aa  67  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  38.14 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  33.86 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  39 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1155  transcriptional regulator, MerR family  43.82 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0258201  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.04 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  34.11 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  46.27 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  38.61 
 
 		 156 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.09 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  43.28 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  44.78 
 
 		 147 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  37 
 
 		 146 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  36.89 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  49.25 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 117 aa  63.9  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  43.28 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  41.79 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  38.18 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  33.61 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  36.27 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.78 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.61 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>