More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1082 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2788  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  87.7 
 
 		 389 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0332558  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1082  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  100 
 
 		 395 aa  767    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1082  major facilitator transporter  92.27 
 
 		 392 aa  682    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.499902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3171  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  88.03 
 
 		 387 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229989  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1199  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  88.03 
 
 		 387 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3172  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  87.5 
 
 		 387 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3315  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  87.8 
 
 		 387 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3485  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  83.02 
 
 		 382 aa  623  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3276  multidrug resistance protein D  54.78 
 
 		 385 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3551  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  54.7 
 
 		 379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04859  hypothetical protein  47.58 
 
 		 434 aa  328  8e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000423  multidrug resistance protein D  47.88 
 
 		 378 aa  322  6e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.575568  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0963  multidrug resistance protein D  50 
 
 		 379 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0211536  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0263  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  49.19 
 
 		 397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0579  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  48.57 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3307  multidrug resistance protein D  49.6 
 
 		 381 aa  273  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.635246  normal  0.942777 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3263  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.78 
 
 		 399 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00113776  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3518  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.78 
 
 		 399 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0261106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3478  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  36.78 
 
 		 399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3177  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.78 
 
 		 399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000683833  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3170  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.07 
 
 		 399 aa  216  5e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1787  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  36.78 
 
 		 399 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2693  major facilitator superfamily MFS_1  40.53 
 
 		 384 aa  213  5.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.693922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3491  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  36.21 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00320112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3460  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  37.43 
 
 		 399 aa  209  6e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0137927  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3235  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.49 
 
 		 399 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154906  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_50050  MFS family transporter  37.46 
 
 		 385 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.012942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4263  MFS family transporter  35.58 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0514386  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.2 
 
 		 412 aa  127  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.45 
 
 		 424 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.86 
 
 		 392 aa  123  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0057  multidrug resistance protein D  29.6 
 
 		 403 aa  123  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0307213  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.61 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3477  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  50.83 
 
 		 126 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29 
 
 		 405 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.26 
 
 		 458 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.34 
 
 		 405 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.34 
 
 		 405 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  28.16 
 
 		 426 aa  119  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6060  Bcr/CflA family drug resistance transporter  29.43 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011313  VSAL_II0881  drug resistance translocator protein  27.95 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0515514  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.61 
 
 		 434 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.52 
 
 		 405 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3062  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.13 
 
 		 412 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3668  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.26 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0413  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.95 
 
 		 400 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4089  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013457  VEA_001431  multidrug resistance protein D  26.89 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000114311  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.75 
 
 		 435 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0683  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.41 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8441  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0543  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily protein  29.27 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00469398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2059  putative transporter protein  25.41 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.233611  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0115  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.66 
 
 		 391 aa  113  5e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395955  n/a   
 
 
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NC_009075  BURPS668_A0774  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.14 
 
 		 403 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0782  n/a   
 
 
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NC_009727  CBUD_2067  multidrug resistance protein D  27.83 
 
 		 409 aa  113  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0252383  n/a   
 
 
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NC_008061  Bcen_3808  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.150016  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5744  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.310357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4560  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  25.14 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.14 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3983  major facilitator transporter  31.2 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.134584 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.14 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.37 
 
 		 393 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
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NC_006349  BMAA1774  Bcr/CflA family drug resistance transporter  25.14 
 
 		 395 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.61 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1832  major facilitator superfamily drug efflux protein  27.91 
 
 		 420 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4159  MFS permease  28.15 
 
 		 392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.51 
 
 		 400 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1285  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.4 
 
 		 469 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.4 
 
 		 393 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.2 
 
 		 405 aa  110  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.2 
 
 		 461 aa  110  6e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.87 
 
 		 414 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  28.02 
 
 		 420 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3211  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.57 
 
 		 424 aa  109  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.05 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1775  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.81 
 
 		 403 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394194  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.63 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4800  multidrug resistance protein D  30.48 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.87 
 
 		 412 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.87 
 
 		 412 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.53 
 
 		 408 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0439856  normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1787  inner membrane transport protein YdhC  25.47 
 
 		 399 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0113984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.7 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.7 
 
 		 413 aa  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.236916  hitchhiker  0.00655505 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4447  major facilitator transporter  30.4 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3448  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  30.65 
 
 		 400 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.11 
 
 		 411 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  27.81 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0254  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.73 
 
 		 400 aa  107  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.662405 
 
 
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NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.81 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
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NC_011205  SeD_A4187  multidrug resistance protein D  28.31 
 
 		 394 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_2329  multidrug resistance protein D  29.25 
 
 		 408 aa  105  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000177786  normal  0.11383 
 
 
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NC_009092  Shew_3588  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.05 
 
 		 400 aa  106  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.02 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.92 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_1990  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.87 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.648809  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.09 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal  1 
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_3271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.45 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.638949 
 
 
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NC_008577  Shewana3_2204  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.92 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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