More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3819 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3819  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 153 aa  321  3e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0221891 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0271  MerR family transcriptional regulator  68.89 
 
 		 156 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0211  transcriptional regulator, MerR family protein  62.76 
 
 		 148 aa  189  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1934  MerR family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.210113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00394  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  53.85 
 
 		 144 aa  149  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00354  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  49.62 
 
 		 136 aa  146  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.784451  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2090  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 143 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3788  MerR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 144 aa  120  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.318416  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2256  MerR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 136 aa  115  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2675  MerR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 150 aa  100  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.995117  normal  0.398735 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1416  MerR family transcriptional regulator  36 
 
 		 175 aa  95.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.185788  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  31.78 
 
 		 148 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  31.78 
 
 		 148 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 146 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  30.56 
 
 		 171 aa  85.5  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  35.71 
 
 		 144 aa  84.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  33.85 
 
 		 135 aa  84  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  84.3  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 131 aa  83.2  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  27.91 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  31.25 
 
 		 153 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  27.91 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  36.61 
 
 		 157 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  32 
 
 		 157 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  29.13 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  27.89 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  35.85 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  32.84 
 
 		 177 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  30.22 
 
 		 157 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  30.71 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  34.82 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  32 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  31.82 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  30.77 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  33.02 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  27.94 
 
 		 154 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  37.17 
 
 		 159 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4014  MerR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  31.06 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  34.62 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  29.6 
 
 		 156 aa  77  0.00000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  31.2 
 
 		 173 aa  77  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  34.31 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  32.58 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  28.8 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  28.8 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3844  transcriptional regulator, MerR family  31.58 
 
 		 139 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.603426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 132 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  31.36 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  33.67 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  31.36 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  28.8 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  31.36 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  30.25 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  29.63 
 
 		 158 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  29.63 
 
 		 158 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  30.63 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  25.19 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 137 aa  73.6  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  31.19 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  28.32 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  30.7 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3676  transcriptional regulator, MerR family  30.39 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.511555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  28.35 
 
 		 150 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 137 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  31.36 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  28.57 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 		 137 aa  71.6  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 172 aa  71.2  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  32.2 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5351  transcriptional regulator, MerR family  28.32 
 
 		 144 aa  70.9  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02955  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 128 aa  70.5  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0202543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  31.67 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  29.57 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0123  MerR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0800  MerR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.876996 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0113  MerR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>