32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0402 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0557  MSHA biogenesis protein MshQ  55.08 
 
 		 906 aa  974    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0109211  normal  0.590942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0402  MSHA biogenesis protein MshQ  100 
 
 		 900 aa  1843    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3755  PA14 domain-containing protein  46.87 
 
 		 1382 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0111574  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0466  MSHA biogenesis protein MshQ  34.11 
 
 		 837 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0264284  normal  0.812437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4403  hypothetical protein  34.57 
 
 		 1463 aa  381  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3473  MSHA biogenesis protein MshQ  30.83 
 
 		 1261 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.928372 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0573  MSHA biogenesis protein MshQ  31.15 
 
 		 1258 aa  283  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0117136  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0478  MSHA biogenesis protein MshQ  29.54 
 
 		 1255 aa  278  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233703  normal  0.793103 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3649  MSHA biogenesis protein MshQ  29.6 
 
 		 1248 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.516469  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4100  MSHA biogenesis protein MshQ  29.61 
 
 		 1257 aa  265  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2833  hypothetical protein  28.92 
 
 		 1252 aa  262  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000270915  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0517  hypothetical protein  28.27 
 
 		 1543 aa  253  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0496  hypothetical protein  28.14 
 
 		 1543 aa  248  4e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0848067  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0521  hypothetical protein  27.92 
 
 		 1543 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.402104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3823  hypothetical protein  28.27 
 
 		 1541 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.473732  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3335  hypothetical protein  29.36 
 
 		 1553 aa  239  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.545908  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3739  hypothetical protein  28.84 
 
 		 1532 aa  233  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0765  hypothetical protein  28.49 
 
 		 1085 aa  214  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.232029  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3263  VcfQ-like protein  27 
 
 		 1072 aa  173  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0182  CUB domain-containing protein  27.04 
 
 		 1537 aa  172  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384689  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  27.11 
 
 		 1306 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00263  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshQ (pilus type IV)  25.99 
 
 		 1168 aa  150  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1146  hypothetical protein  26.35 
 
 		 1504 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3101  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1133 aa  108  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4562  hypothetical protein  24.11 
 
 		 1576 aa  108  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002382  hypothetical protein  21.57 
 
 		 1508 aa  97.4  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0759  hypothetical protein  27.58 
 
 		 907 aa  86.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.747993 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3337  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1202 aa  69.3  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001507  MSHA biogenesis protein MshQ  21.91 
 
 		 1008 aa  62.4  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.101461  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03686  hypothetical protein  25.06 
 
 		 1544 aa  49.7  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05444  hypothetical protein  20.04 
 
 		 793 aa  46.6  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0888  hypothetical protein  26.9 
 
 		 1191 aa  45.8  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.199681 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>