More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4052 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4052  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 157 aa  308  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3435  MarR family transcriptional regulator  94.9 
 
 		 158 aa  293  7e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3610  MarR family transcriptional regulator  94.9 
 
 		 158 aa  292  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0516  MarR family transcriptional regulator  93.63 
 
 		 158 aa  289  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.716514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3772  MarR family transcriptional regulator  90.85 
 
 		 157 aa  273  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0569  transcriptional regulator, MarR family  90.85 
 
 		 157 aa  273  8e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0564  MarR family transcriptional regulator  90.85 
 
 		 157 aa  273  8e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0540  MarR family transcriptional regulator  90.85 
 
 		 157 aa  273  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0620  MarR family transcriptional regulator  89.1 
 
 		 168 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3252  transcriptional regulator, MarR family protein  78.57 
 
 		 161 aa  242  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1921  MarR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 155 aa  192  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000535  putative transcription regulator  61.33 
 
 		 151 aa  178  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1782  MarR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 159 aa  173  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  40.88 
 
 		 143 aa  103  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  40.88 
 
 		 143 aa  103  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  40.88 
 
 		 143 aa  103  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2214  transcriptional regulator SlyA  41.48 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.559997  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  42.03 
 
 		 145 aa  101  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  41.48 
 
 		 146 aa  100  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  39.86 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  39.86 
 
 		 145 aa  100  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  42.03 
 
 		 145 aa  100  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  41.09 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  40.88 
 
 		 144 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  43.28 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  43.28 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  40.15 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  43.28 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  43.28 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  43.28 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  40.15 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  43.28 
 
 		 146 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  43.28 
 
 		 144 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  39.42 
 
 		 146 aa  97.1  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  38.69 
 
 		 146 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  38.69 
 
 		 146 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  39.16 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  42.54 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 141 aa  87.8  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  37.12 
 
 		 151 aa  87  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 154 aa  82.8  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  36.17 
 
 		 151 aa  81.3  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1032  transcriptional regulator, MarR family  40.94 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1111  MarR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 143 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  35.34 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02788  putative transcriptional regulator (MarR family) protein  40.62 
 
 		 109 aa  74.7  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  35.94 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  36.43 
 
 		 144 aa  73.9  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  35.94 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0761  MarR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0154826  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0359  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000080599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0709  MarR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.699549  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3581  MarR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0241  transcriptional regulator, MarR family  36.07 
 
 		 165 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932018  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3512  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.332426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  35.88 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2359  transcriptional regulator, MarR family  34.85 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0289  transcriptional regulator, MarR family  42.02 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.660944 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5052  MarR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  36.97 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1859  transcriptional regulator, MarR family  33.8 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4863  MarR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238839  normal  0.273246 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4794  putative MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 152 aa  67.4  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.717119  normal  0.755619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 145 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  35.14 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 150 aa  67  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1859  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.89352  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  40.74 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0170  MarR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0196  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3000  MarR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0200  MarR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.834737 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4167  MarR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 154 aa  65.1  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  35 
 
 		 148 aa  64.7  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0175  MarR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3617  transcriptional regulator, MarR family  31.3 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  36.03 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6622  transcriptional regulator, MarR family  32.33 
 
 		 158 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  34.82 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  34.82 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6656  MarR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 177 aa  62  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  36.97 
 
 		 154 aa  62  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2635  transcriptional regulator, MarR family  30.58 
 
 		 168 aa  61.6  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6176  MarR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.714929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0860  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00194997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>