63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3672 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3672  TonB system transport protein ExbD1  100 
 
 		 145 aa  283  4e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  79.31 
 
 		 145 aa  231  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1051  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.72 
 
 		 145 aa  200  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3341  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.03 
 
 		 145 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00402112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0949  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.03 
 
 		 145 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.543665  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1018  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.34 
 
 		 145 aa  197  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.198442  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0963  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.41 
 
 		 145 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.91 
 
 		 137 aa  142  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.26 
 
 		 137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0787  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.31 
 
 		 139 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1753  TonB system transport protein ExbD1  42.96 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00438106  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001353  biopolymer transport protein ExbD1  45.97 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000434471  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0325  TonB system transport protein ExbD1  48.78 
 
 		 138 aa  104  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000982985  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05242  biopolymer transport protein  43.55 
 
 		 137 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  31.53 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.53 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  27.93 
 
 		 136 aa  51.2  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.39 
 
 		 144 aa  50.4  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  24.39 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  22.13 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.13 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  22.13 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  22.13 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.02 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  25.64 
 
 		 134 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  25.2 
 
 		 145 aa  47.4  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 		 136 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.2 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.76 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  25 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.28 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.5 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.53 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.53 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  24.14 
 
 		 134 aa  43.9  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  25.81 
 
 		 146 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  25.81 
 
 		 146 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  26.05 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.39 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0812  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  25.22 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  26.15 
 
 		 208 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  22.88 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0198  TonB system transport protein ExbD  29.91 
 
 		 128 aa  42  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00125254  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.27 
 
 		 139 aa  41.2  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  28.87 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.03 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.88 
 
 		 148 aa  41.2  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  19.05 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  21.77 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  28.32 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 137 aa  40.8  0.007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  24.55 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  22.86 
 
 		 150 aa  40.4  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.93 
 
 		 149 aa  40.4  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.72 
 
 		 141 aa  40.4  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  19.38 
 
 		 145 aa  40  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 		 154 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  25 
 
 		 154 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>