More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0328 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0328  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  590  1e-168  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0696  LysR family transcriptional regulator  89.4 
 
 		 288 aa  535  1e-151  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.820352  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0712  LysR substrate-binding  89.4 
 
 		 288 aa  535  1e-151  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.471383  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3892  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.940003  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4195  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4031  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3997  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3724  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3740  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3809  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4102  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.33917  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4085  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1155  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2684  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 285 aa  186  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184293  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 297 aa  89  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 308 aa  86.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  22.04 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  22.67 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.4 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  24.38 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  21.51 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  21.63 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  24.8 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.62 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  24.8 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  24.41 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1790  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000399419  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  24.4 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  23.17 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  33.33 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  23.84 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  21.68 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.77 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.79 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.11 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.83 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  21.83 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  21.33 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  21 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  23.86 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  21.37 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  23.6 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.63 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>