More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0561 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0561  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  100 
 
 
333 aa  650    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4671  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.59 
 
 
334 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297118  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4379  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.29 
 
 
334 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.811647  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5280  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.59 
 
 
334 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.797585  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2426  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.36 
 
 
331 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.154606  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3332  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.59 
 
 
335 aa  348  5e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223334  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0091  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.49 
 
 
338 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243968  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0707  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II (cydB, qxtB)  52.4 
 
 
336 aa  341  8e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3951  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.95 
 
 
335 aa  340  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3857  hypothetical protein  54.05 
 
 
335 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346842  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4142  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.62 
 
 
336 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3833  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.62 
 
 
336 aa  335  5e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0192  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.17 
 
 
337 aa  333  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3210  quinol oxidase subunit II QxtB  54.65 
 
 
335 aa  332  4e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1026  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.55 
 
 
332 aa  330  1e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5131  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.46 
 
 
336 aa  330  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.555192 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4324  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.89 
 
 
334 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0170  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.26 
 
 
334 aa  328  9e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0788  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.04 
 
 
335 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4928  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.59 
 
 
335 aa  325  9e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000554234 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4073  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.84 
 
 
336 aa  322  7e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.889217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1786  cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 2  52.1 
 
 
334 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.703016  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3592  Cytochrome bd type quinol oxidase subunit 2 protein  51.95 
 
 
334 aa  320  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4011  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.68 
 
 
334 aa  321  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4650  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.75 
 
 
335 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4512  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.45 
 
 
335 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1695  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.52 
 
 
338 aa  318  7.999999999999999e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0476582  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1516  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  51.22 
 
 
338 aa  317  1e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.475209  normal  0.900385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4644  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.45 
 
 
335 aa  317  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.39866  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4892  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  50.75 
 
 
335 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1614  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  47.85 
 
 
328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1267  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.41 
 
 
334 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000808  putative Cytochrome bd2 subunit II  51.66 
 
 
332 aa  306  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.4 
 
 
335 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13040  CioB, cyanide insensitive terminal oxidase  49.4 
 
 
335 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0963  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  47.16 
 
 
335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.238614  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4065  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.15 
 
 
334 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.508288  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0927  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  47.16 
 
 
335 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.304728  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3377  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  46.57 
 
 
335 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4647  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  50.3 
 
 
335 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5119  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.07 
 
 
333 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187118 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2149  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.09 
 
 
335 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3574  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  47.31 
 
 
335 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0902156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3450  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  46.87 
 
 
335 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11040  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  50.6 
 
 
335 aa  299  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02215  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit II  48.51 
 
 
339 aa  298  6e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4790  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.25 
 
 
335 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0334  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  48.5 
 
 
335 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5382  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.25 
 
 
335 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4819  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.36 
 
 
335 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5479  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.25 
 
 
335 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0779913  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0427  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  48.78 
 
 
335 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1769  cyanide-insensitive terminal oxidase  48.78 
 
 
335 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.211291  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5366  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.66 
 
 
335 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4281  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  49.1 
 
 
335 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.207239  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0595  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.4 
 
 
336 aa  296  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.173418  normal  0.217419 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0942  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.25 
 
 
335 aa  296  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1086  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.25 
 
 
335 aa  296  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2101  cyanide-insensitive terminal oxidase  48.48 
 
 
335 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1836  cyanide-insensitive terminal oxidase  48.48 
 
 
335 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1128  cyanide-insensitive terminal oxidase  48.48 
 
 
335 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.852695  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0837  cyanide-insensitive terminal oxidase  48.48 
 
 
335 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177421  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0913  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  47.01 
 
 
335 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0260  hypothetical protein  46.93 
 
 
329 aa  295  7e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0929  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  45.67 
 
 
335 aa  295  8e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0417  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.93 
 
 
334 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0174  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  48.36 
 
 
335 aa  293  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.153758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3117  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.45 
 
 
334 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3306  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.66 
 
 
335 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167701 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0255  hypothetical protein  46.01 
 
 
329 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2000  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.55 
 
 
333 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.257779  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00094  ubiquinol oxidase subunit II, cyanide insensitive  47.13 
 
 
333 aa  290  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4956  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II  51.36 
 
 
335 aa  288  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.545349  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1464  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  46.36 
 
 
333 aa  287  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.663367  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2643  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.01 
 
 
335 aa  287  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5725  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  46.41 
 
 
335 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31475  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2039  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.19 
 
 
341 aa  286  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4100  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  48.5 
 
 
335 aa  285  7e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00146207  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4852  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.19 
 
 
334 aa  285  7e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285444  normal  0.0415092 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1811  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  48.19 
 
 
334 aa  285  8e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.890434  normal  0.117686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0675  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.39 
 
 
347 aa  285  9e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.340894 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3926  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.24 
 
 
337 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3271  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  46.34 
 
 
335 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.327803  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0713  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.77 
 
 
347 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231723  normal  0.297933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0702  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.77 
 
 
347 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3839  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  46.41 
 
 
335 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.425133  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6551  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  45.54 
 
 
335 aa  281  9e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000388  putative Cytochrome bd2 subunit II  42.81 
 
 
335 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0747  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.6 
 
 
335 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4285  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  50.6 
 
 
335 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000591698  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6969  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  45.54 
 
 
335 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03150  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit II) oxidoreductase protein  45.07 
 
 
336 aa  278  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73808  normal  0.0133752 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1421  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  44.94 
 
 
335 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6408  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  44.94 
 
 
335 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1251  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  45.35 
 
 
347 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2132  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  45.37 
 
 
336 aa  276  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.19324  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3152  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  44.01 
 
 
335 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6442  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  44.94 
 
 
335 aa  276  5e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42498 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5401  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  43.71 
 
 
335 aa  275  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.117755  normal  0.0278093 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6191  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  46.11 
 
 
335 aa  275  6e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>