More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4512 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4512  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  100 
 
 
335 aa  665    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4650  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  99.7 
 
 
335 aa  664    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4644  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  98.81 
 
 
335 aa  661    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.39866  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0788  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  94.33 
 
 
335 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4892  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  84.78 
 
 
335 aa  586  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  81.49 
 
 
335 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13040  CioB, cyanide insensitive terminal oxidase  81.49 
 
 
335 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4281  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  82.09 
 
 
335 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.207239  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4647  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  82.09 
 
 
335 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0747  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  82.69 
 
 
335 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11040  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  78.21 
 
 
335 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2528  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  68.06 
 
 
335 aa  474  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3117  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  75.22 
 
 
334 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4956  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II  69.25 
 
 
335 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.545349  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3574  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.67 
 
 
335 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0902156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3450  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.07 
 
 
335 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3377  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.67 
 
 
335 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2860  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  72.54 
 
 
335 aa  458  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.448719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0913  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.07 
 
 
335 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0929  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  64.78 
 
 
335 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2132  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  68.15 
 
 
336 aa  455  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.19324  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0927  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.97 
 
 
335 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.304728  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2643  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  68.36 
 
 
335 aa  454  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0963  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.37 
 
 
335 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.238614  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3131  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  65.48 
 
 
336 aa  448  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.305422 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4285  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  70.45 
 
 
335 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000591698  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3385  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  64.67 
 
 
338 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0392  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit II  65.48 
 
 
336 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  7.27607e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0413  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II  65.48 
 
 
336 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000306054 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0395  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit II  65.48 
 
 
336 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0455  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II  65.48 
 
 
336 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.458436  hitchhiker  0.00000000000000920194 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0401  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II  65.48 
 
 
336 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000259271 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4100  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  63.88 
 
 
335 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00146207  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000388  putative Cytochrome bd2 subunit II  58.51 
 
 
335 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0942  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  62.39 
 
 
335 aa  420  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1086  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  62.39 
 
 
335 aa  420  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3271  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  59.4 
 
 
335 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.327803  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1473  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  64.78 
 
 
335 aa  414  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.250044 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6969  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  59.82 
 
 
335 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6442  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.93 
 
 
335 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3152  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.51 
 
 
335 aa  401  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5684  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.63 
 
 
335 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.326794 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5401  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.04 
 
 
335 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.117755  normal  0.0278093 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3839  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  58.63 
 
 
335 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.425133  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1421  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.33 
 
 
335 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6408  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.33 
 
 
335 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6191  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.93 
 
 
335 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5725  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.04 
 
 
335 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31475  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6551  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  57.01 
 
 
335 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7067  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.63 
 
 
335 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.660644  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0091  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  57.36 
 
 
338 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243968  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0427  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  58.56 
 
 
335 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1769  cyanide-insensitive terminal oxidase  58.56 
 
 
335 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.211291  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2149  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.38 
 
 
335 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2101  cyanide-insensitive terminal oxidase  58.26 
 
 
335 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1836  cyanide-insensitive terminal oxidase  58.26 
 
 
335 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0837  cyanide-insensitive terminal oxidase  58.26 
 
 
335 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177421  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0334  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  58.26 
 
 
335 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1128  cyanide-insensitive terminal oxidase  58.26 
 
 
335 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.852695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4671  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.12 
 
 
334 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297118  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4379  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.72 
 
 
334 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.811647  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4852  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.86 
 
 
334 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285444  normal  0.0415092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0120  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.55 
 
 
335 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1811  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  58.56 
 
 
334 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.890434  normal  0.117686 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5280  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  57.61 
 
 
334 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.797585  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0192  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.49 
 
 
337 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5119  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.08 
 
 
333 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187118 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4073  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.06 
 
 
336 aa  362  4e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.889217  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4819  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.08 
 
 
335 aa  361  8e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3306  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  59.46 
 
 
335 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167701 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5366  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.38 
 
 
335 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5382  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.98 
 
 
335 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5479  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.98 
 
 
335 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0779913  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3592  Cytochrome bd type quinol oxidase subunit 2 protein  53.43 
 
 
334 aa  358  6e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4790  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.98 
 
 
335 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3857  hypothetical protein  52.84 
 
 
335 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346842  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2000  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.22 
 
 
333 aa  357  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.257779  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0707  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II (cydB, qxtB)  57.31 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0174  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  58.38 
 
 
335 aa  355  5e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.153758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3833  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.57 
 
 
336 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3951  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.34 
 
 
335 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4142  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.27 
 
 
336 aa  354  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02215  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit II  52.38 
 
 
339 aa  352  5.9999999999999994e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5131  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.57 
 
 
336 aa  351  8e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.555192 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1464  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.01 
 
 
333 aa  352  8e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.663367  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3210  quinol oxidase subunit II QxtB  51.64 
 
 
335 aa  349  5e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03150  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit II) oxidoreductase protein  52.24 
 
 
336 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73808  normal  0.0133752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1251  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.43 
 
 
347 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1267  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.57 
 
 
334 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3332  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.85 
 
 
335 aa  346  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223334  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1786  cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 2  51.94 
 
 
334 aa  344  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.703016  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4065  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.87 
 
 
334 aa  342  5e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.508288  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0170  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.12 
 
 
334 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1026  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.06 
 
 
332 aa  339  2.9999999999999998e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4324  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.45 
 
 
334 aa  334  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00094  ubiquinol oxidase subunit II, cyanide insensitive  53.92 
 
 
333 aa  331  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3926  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.01 
 
 
337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1695  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.19 
 
 
338 aa  325  6e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0476582  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1516  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  47.89 
 
 
338 aa  324  2e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.475209  normal  0.900385 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0260  hypothetical protein  47.43 
 
 
329 aa  322  4e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>