More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4073 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007959  Nham_4073  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  100 
 
 
336 aa  659    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.889217  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4142  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  70.83 
 
 
336 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3833  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  70.83 
 
 
336 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0192  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  69.14 
 
 
337 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5131  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  69.35 
 
 
336 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.555192 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0091  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.04 
 
 
338 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243968  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4379  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  59.23 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.811647  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4671  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.04 
 
 
334 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297118  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1786  cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 2  58.04 
 
 
334 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.703016  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5280  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  58.04 
 
 
334 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.797585  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3332  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  60.78 
 
 
335 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223334  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3857  hypothetical protein  57.66 
 
 
335 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346842  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4892  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  55.95 
 
 
335 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0788  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.65 
 
 
335 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3592  Cytochrome bd type quinol oxidase subunit 2 protein  55.06 
 
 
334 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0170  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  60.12 
 
 
334 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0707  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II (cydB, qxtB)  56.85 
 
 
336 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4324  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  59.28 
 
 
334 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4644  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.36 
 
 
335 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.39866  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4650  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.36 
 
 
335 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.06 
 
 
335 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13040  CioB, cyanide insensitive terminal oxidase  55.06 
 
 
335 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4512  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.06 
 
 
335 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3951  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.95 
 
 
335 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3210  quinol oxidase subunit II QxtB  55.86 
 
 
335 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3574  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.38 
 
 
335 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0902156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4928  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  59.28 
 
 
335 aa  349  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000554234 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3450  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.08 
 
 
335 aa  349  5e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3377  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.08 
 
 
335 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4281  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  53.27 
 
 
335 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.207239  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2426  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  55.26 
 
 
331 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.154606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4647  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  54.17 
 
 
335 aa  346  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0929  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.49 
 
 
335 aa  345  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0913  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.79 
 
 
335 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0417  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  62.26 
 
 
334 aa  342  5.999999999999999e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0963  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.89 
 
 
335 aa  340  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.238614  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0747  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  57.44 
 
 
335 aa  340  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4011  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  56.8 
 
 
334 aa  339  4e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0927  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.6 
 
 
335 aa  338  7e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.304728  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3131  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.74 
 
 
336 aa  335  9e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.305422 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2149  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.65 
 
 
335 aa  334  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5401  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.85 
 
 
335 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.117755  normal  0.0278093 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0427  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  52.25 
 
 
335 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1769  cyanide-insensitive terminal oxidase  52.25 
 
 
335 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.211291  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1267  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.19 
 
 
334 aa  333  3e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.690113 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2643  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.38 
 
 
335 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0334  cyanide-insensitive terminal oxidase CioB  51.95 
 
 
335 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5725  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.96 
 
 
335 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31475  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1836  cyanide-insensitive terminal oxidase  51.95 
 
 
335 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6969  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  49.26 
 
 
335 aa  330  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0837  cyanide-insensitive terminal oxidase  51.95 
 
 
335 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177421  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1128  cyanide-insensitive terminal oxidase  51.95 
 
 
335 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.852695  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2101  cyanide-insensitive terminal oxidase  51.95 
 
 
335 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3152  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.51 
 
 
335 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02215  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit II  50.15 
 
 
339 aa  330  3e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2528  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.49 
 
 
335 aa  329  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4065  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.08 
 
 
334 aa  330  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.508288  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3839  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  50.45 
 
 
335 aa  328  7e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.425133  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1026  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  54.49 
 
 
332 aa  328  9e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1421  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.37 
 
 
335 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6408  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.37 
 
 
335 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1251  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  49.09 
 
 
347 aa  325  7e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2132  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.15 
 
 
336 aa  325  9e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.19324  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6551  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  48.78 
 
 
335 aa  324  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6442  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.96 
 
 
335 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0942  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.23 
 
 
335 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1086  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.23 
 
 
335 aa  324  2e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4819  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.15 
 
 
335 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5684  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.37 
 
 
335 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.326794 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1516  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  49.1 
 
 
338 aa  322  4e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.475209  normal  0.900385 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4852  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.25 
 
 
334 aa  322  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285444  normal  0.0415092 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6191  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.66 
 
 
335 aa  322  6e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1811  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  52.25 
 
 
334 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.890434  normal  0.117686 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4285  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  55.36 
 
 
335 aa  322  7e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000591698  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4790  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.15 
 
 
335 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5366  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.85 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4956  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II  52.98 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.545349  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2039  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  50.15 
 
 
341 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5382  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.15 
 
 
335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5479  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  53.15 
 
 
335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0779913  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7067  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.66 
 
 
335 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.660644  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11040  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  53.87 
 
 
335 aa  318  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0702  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.74 
 
 
347 aa  318  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0713  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.74 
 
 
347 aa  318  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231723  normal  0.297933 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000388  putative Cytochrome bd2 subunit II  47.02 
 
 
335 aa  317  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1695  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.8 
 
 
338 aa  317  2e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0476582  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3306  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.55 
 
 
335 aa  316  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0174  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  52.85 
 
 
335 aa  316  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.153758 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0675  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  52.44 
 
 
347 aa  315  6e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.340894 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3385  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  49.55 
 
 
338 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5119  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  51.65 
 
 
333 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.187118 
 
 
-
 
NC_003296  RS03150  putative transmembrane cytochrome bd-II oxidase (subunit II) oxidoreductase protein  46.81 
 
 
336 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73808  normal  0.0133752 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0260  hypothetical protein  47.87 
 
 
329 aa  312  3.9999999999999997e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1464  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit II  48.65 
 
 
333 aa  312  5.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.663367  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0255  hypothetical protein  47.56 
 
 
329 aa  311  1e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0395  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit II  50.45 
 
 
336 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4100  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  50 
 
 
335 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00146207  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0401  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II  50.45 
 
 
336 aa  309  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000259271 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0413  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II  50.45 
 
 
336 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000306054 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0561  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit II  52.84 
 
 
333 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>