More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0159 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0159  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
537 aa  1028    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3498  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.61 
 
 
526 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  55.8 
 
 
496 aa  468  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0494  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.82 
 
 
519 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1845  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.42 
 
 
519 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.264563  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0634  exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.53 
 
 
519 aa  452  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4284  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.12 
 
 
527 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.671183  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0620  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.64 
 
 
477 aa  447  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419722  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2996  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.57 
 
 
527 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1238  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.59 
 
 
549 aa  448  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.122237  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0667  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.17 
 
 
566 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4549  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.41 
 
 
526 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6068  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  54.49 
 
 
507 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0339601  normal  0.285374 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3174  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.55 
 
 
541 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.515348  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1352  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.27 
 
 
537 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60305  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6605  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.71 
 
 
531 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0079449  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0764  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.2 
 
 
511 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.130053  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0712  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51 
 
 
511 aa  435  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2553  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.8 
 
 
541 aa  433  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.30129  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.57 
 
 
519 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.22 
 
 
543 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.958847  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.48 
 
 
536 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0628  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.97 
 
 
485 aa  432  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.088972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4330  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.7 
 
 
548 aa  428  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554584  normal  0.651535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1331  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.17 
 
 
462 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.701446  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0398  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.52 
 
 
521 aa  420  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.636778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1859  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.38 
 
 
538 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.020819 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4621  exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.3 
 
 
541 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4183  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.52 
 
 
523 aa  410  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1945  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.87 
 
 
502 aa  411  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0916178 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3105  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50 
 
 
475 aa  411  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3873  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.13 
 
 
522 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633021  normal  0.0839806 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1695  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.84 
 
 
536 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.85082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1226  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.53 
 
 
528 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.901078  normal  0.0774047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3300  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.52 
 
 
519 aa  405  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2727  exodeoxyribonuclease 7 large subunit  51.02 
 
 
523 aa  398  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0564335  normal  0.143765 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3148  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50 
 
 
492 aa  392  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0182  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.15 
 
 
519 aa  393  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402251  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2864  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.21 
 
 
486 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0265405  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1034  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.21 
 
 
476 aa  385  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.31032  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0171  exodeoxyribonuclease VII large subunit  60.32 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0029  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.02 
 
 
388 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0282686  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0056  putative exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.83 
 
 
388 aa  295  1e-78  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.83 
 
 
448 aa  267  4e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1915  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.73 
 
 
454 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000169842  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2413  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.47 
 
 
402 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0605  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.38 
 
 
516 aa  259  7e-68  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2406  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.29 
 
 
475 aa  258  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000113939  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.85 
 
 
453 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2037  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.15 
 
 
465 aa  254  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1255  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.89 
 
 
458 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000215567  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1848  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.36 
 
 
453 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000692777  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.29 
 
 
444 aa  253  6e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1221  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.55 
 
 
542 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1093  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.5 
 
 
474 aa  253  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18484  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.24 
 
 
451 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4032  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.36 
 
 
452 aa  252  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156439  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3028  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.89 
 
 
458 aa  252  1e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.77 
 
 
448 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1153  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.64 
 
 
542 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.315113  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.81 
 
 
448 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.61 
 
 
448 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.81 
 
 
448 aa  250  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.9 
 
 
455 aa  249  7e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4253  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  3e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0297469  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.19 
 
 
448 aa  247  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4310  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  3e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.78 
 
 
448 aa  248  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3922  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  4e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0384993  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3933  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4200  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  4e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.09756e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.796094  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4404  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.57 
 
 
448 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.69 
 
 
445 aa  246  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4290  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.507724  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0944  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.75 
 
 
452 aa  246  8e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  hitchhiker  0.000327864 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.76 
 
 
451 aa  246  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.88 
 
 
448 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1865  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.75 
 
 
411 aa  242  1e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0833  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.92 
 
 
411 aa  240  4e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0015301  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0340  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.3 
 
 
402 aa  240  5.999999999999999e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.821766  normal  0.194852 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1719  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.86 
 
 
454 aa  240  5.999999999999999e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.623668  hitchhiker  0.0000296907 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.4 
 
 
449 aa  239  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2078  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.18 
 
 
402 aa  239  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.54 
 
 
446 aa  238  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1017  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.56 
 
 
398 aa  238  3e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.54 
 
 
466 aa  237  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.2 
 
 
449 aa  237  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.4 
 
 
449 aa  237  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.43 
 
 
455 aa  237  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.37 
 
 
457 aa  237  5.0000000000000005e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1030  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.45 
 
 
447 aa  237  5.0000000000000005e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000189378  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.4 
 
 
449 aa  237  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1890  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.82 
 
 
446 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000101941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.96 
 
 
459 aa  236  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0516461  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1767  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.5 
 
 
447 aa  236  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00135793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.06 
 
 
454 aa  236  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.99 
 
 
457 aa  236  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2661  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.99 
 
 
449 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000015005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>