More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4801 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_1180  isocitrate lyase  73.82 
 
 		 534 aa  827    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01326  isocitrate lyase  75.43 
 
 		 531 aa  842    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.190818  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1232  isocitrate lyase  77.65 
 
 		 527 aa  865    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1448  isocitrate lyase  65.91 
 
 		 527 aa  725    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  normal  0.373019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2407  isocitrate lyase  82.67 
 
 		 531 aa  925    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210555  normal  0.138791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2573  isocitrate lyase  82.86 
 
 		 531 aa  927    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157334  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1627  isocitrate lyase  66.29 
 
 		 528 aa  723    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4340  isocitrate lyase  96.2 
 
 		 528 aa  1037    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0384  isocitrate lyase  93.75 
 
 		 528 aa  1021    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2353  isocitrate lyase  81.4 
 
 		 527 aa  911    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000102131  decreased coverage  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3465  isocitrate lyase  79.73 
 
 		 530 aa  875    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.662087  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3157  isocitrate lyase  78.94 
 
 		 542 aa  871    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0529  isocitrate lyase  99.24 
 
 		 528 aa  1092    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5860  isocitrate lyase  95.83 
 
 		 527 aa  1038    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0610  isocitrate lyase  95.64 
 
 		 527 aa  1036    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1090  isocitrate lyase  77.23 
 
 		 531 aa  873    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.198066  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4188  isocitrate lyase  78.07 
 
 		 545 aa  868    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0755941  normal  0.12145 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4801  isocitrate lyase  100 
 
 		 528 aa  1100    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.815542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4199  isocitrate lyase  78.07 
 
 		 545 aa  869    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.747158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1029  isocitrate lyase  81.23 
 
 		 531 aa  889    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0542  isocitrate lyase  98.11 
 
 		 528 aa  1082    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1379  isocitrate lyase  76.75 
 
 		 545 aa  860    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.378133 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0047  isocitrate lyase  79.7 
 
 		 530 aa  877    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12313  isocitrate lyase  66.73 
 
 		 552 aa  743    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4878  isocitrate lyase  79.02 
 
 		 544 aa  855    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347742  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4053  isocitrate lyase  76.75 
 
 		 545 aa  855    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1860  isocitrate lyase  66.48 
 
 		 528 aa  726    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0847952 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2926  isocitrate lyase  79.13 
 
 		 531 aa  874    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.70995  normal  0.314009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4737  isocitrate lyase  96.02 
 
 		 526 aa  1044    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613526  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0943  isocitrate lyase  79.36 
 
 		 530 aa  885    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.478615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3921  isocitrate lyase  95.83 
 
 		 527 aa  1038    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2234  isocitrate lyase  81.78 
 
 		 527 aa  914    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0305365  decreased coverage  0.0000429136 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1215  isocitrate lyase  75.05 
 
 		 533 aa  839    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2041  isocitrate lyase  79.32 
 
 		 527 aa  894    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2682  isocitrate lyase  77.21 
 
 		 531 aa  861    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000577171 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0304  isocitrate lyase  72.02 
 
 		 531 aa  805    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3139  isocitrate lyase  80.83 
 
 		 526 aa  904    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87886  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28420  isocitrate lyase  79.28 
 
 		 531 aa  888    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.528136  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3724  isocitrate lyase  100 
 
 		 528 aa  1100    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3879  isocitrate lyase  96.02 
 
 		 528 aa  1036    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.51448  normal  0.0498655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30050  isocitrate lyase  82.49 
 
 		 531 aa  920    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4447  isocitrate lyase  95.83 
 
 		 527 aa  1038    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1363  isocitrate lyase  55.75 
 
 		 535 aa  557  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  28.91 
 
 		 428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1501  isocitrate lyase  29.18 
 
 		 461 aa  143  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4706  isocitrate lyase  28.85 
 
 		 438 aa  140  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1739  isocitrate lyase  26.99 
 
 		 426 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  28.82 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  26.28 
 
 		 428 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0999  isocitrate lyase  29.36 
 
 		 440 aa  136  8e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  28.15 
 
 		 435 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  27.98 
 
 		 439 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4054  isocitrate lyase  27.89 
 
 		 492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  27.65 
 
 		 441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  26.85 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  28.05 
 
 		 441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  27.11 
 
 		 428 aa  134  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0583  isocitrate lyase  27.51 
 
 		 443 aa  133  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4116  isocitrate lyase  28.08 
 
 		 441 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3602  isocitrate lyase  27.65 
 
 		 441 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4617  isocitrate lyase  27.98 
 
 		 471 aa  133  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417878  hitchhiker  0.00173468 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  27.46 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  27.46 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0451  isocitrate lyase  26.74 
 
 		 436 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3687  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.978448  normal  0.141916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  28.33 
 
 		 440 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1748  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.191807 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  27.83 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  27.23 
 
 		 440 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  27.46 
 
 		 441 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  27.23 
 
 		 440 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0073  isocitrate lyase  28.34 
 
 		 452 aa  131  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.136709 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  26.74 
 
 		 435 aa  131  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3389  isocitrate lyase  27.86 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2844  isocitrate lyase  27.23 
 
 		 440 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166361  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  27.53 
 
 		 432 aa  131  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1017  isocitrate lyase  29.18 
 
 		 430 aa  131  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  27.45 
 
 		 443 aa  131  4.0000000000000003e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1506  isocitrate lyase  26.82 
 
 		 432 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3196  isocitrate lyase  27.21 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0249331 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1484  isocitrate lyase  27.23 
 
 		 440 aa  130  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0854  isocitrate lyase  27.27 
 
 		 425 aa  130  6e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00269898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3957  isocitrate lyase  27.69 
 
 		 435 aa  130  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0040  isocitrate lyase  26.22 
 
 		 426 aa  130  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1276  isocitrate lyase  26.9 
 
 		 450 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0267  isocitrate lyase  26.15 
 
 		 437 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00619067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2985  isocitrate lyase  30.34 
 
 		 435 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.54257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1447  isocitrate lyase  27.52 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3088  isocitrate lyase  27.75 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.486018  normal  0.0987839 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03887  isocitrate lyase  27.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3982  isocitrate lyase  27.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4015  isocitrate lyase  27.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.857815  normal  0.048313 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1229  isocitrate lyase  25.79 
 
 		 425 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.154992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1415  isocitrate lyase  27.34 
 
 		 441 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0365  isocitrate lyase  27.02 
 
 		 435 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03847  hypothetical protein  27.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0295  isocitrate lyase  27.02 
 
 		 435 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.474355  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  27.19 
 
 		 434 aa  129  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4509  isocitrate lyase  27.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4557  isocitrate lyase  27.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>