More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3602 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_1368  isocitrate lyase  70.55 
 
 
434 aa  650    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.871931  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0365  isocitrate lyase  71.72 
 
 
435 aa  674    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2438  isocitrate lyase  76.08 
 
 
442 aa  697    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03887  isocitrate lyase  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1506  isocitrate lyase  73.97 
 
 
432 aa  680    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3982  isocitrate lyase  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3088  isocitrate lyase  70.52 
 
 
443 aa  651    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.486018  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1447  isocitrate lyase  72.34 
 
 
443 aa  671    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4116  isocitrate lyase  95.69 
 
 
441 aa  889    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1744  isocitrate lyase  74.21 
 
 
438 aa  689    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000180609 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  78.13 
 
 
441 aa  710    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  78.13 
 
 
441 aa  709    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1484  isocitrate lyase  78.36 
 
 
440 aa  713    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01042  isocitrate lyase  78.18 
 
 
437 aa  711    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  95.69 
 
 
441 aa  890    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3957  isocitrate lyase  71.04 
 
 
435 aa  657    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2524  isocitrate lyase  70.32 
 
 
435 aa  641    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004371  isocitrate lyase  78.41 
 
 
437 aa  714    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03847  hypothetical protein  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2552  isocitrate lyase  73.47 
 
 
438 aa  677    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0524319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1586  isocitrate lyase  70.32 
 
 
435 aa  641    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0742206  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1361  isocitrate lyase  70.32 
 
 
435 aa  641    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1276  isocitrate lyase  78.41 
 
 
450 aa  716    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  78.13 
 
 
441 aa  710    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4469  isocitrate lyase  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0668028  normal  0.0385997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2860  isocitrate lyase  76.36 
 
 
439 aa  704    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3196  isocitrate lyase  95.92 
 
 
441 aa  893    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0249331 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4015  isocitrate lyase  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.857815  normal  0.048313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  76.08 
 
 
432 aa  695    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0295  isocitrate lyase  71.72 
 
 
435 aa  674    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.474355  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0640  isocitrate lyase  71.49 
 
 
435 aa  673    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0281046 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1961  isocitrate lyase  71.23 
 
 
431 aa  651    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4520  isocitrate lyase  72.21 
 
 
434 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2613  isocitrate lyase  70.32 
 
 
435 aa  641    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1869  isocitrate lyase  74.32 
 
 
439 aa  693    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.612764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3602  isocitrate lyase  100 
 
 
441 aa  922    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5357  isocitrate lyase  69.41 
 
 
435 aa  636    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0267  isocitrate lyase  77.88 
 
 
437 aa  715    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00619067  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4430  isocitrate lyase  72.21 
 
 
434 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  78.91 
 
 
439 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4249  isocitrate lyase  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4517  isocitrate lyase  72.21 
 
 
434 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1998  isocitrate lyase  70.55 
 
 
435 aa  643    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.223202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3389  isocitrate lyase  95.69 
 
 
441 aa  891    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.580592 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1247  isocitrate lyase  72.46 
 
 
437 aa  672    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4395  isocitrate lyase  72.21 
 
 
434 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1335  isocitrate lyase  73.41 
 
 
439 aa  685    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.738901  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  71.27 
 
 
435 aa  659    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2101  isocitrate lyase  72.95 
 
 
439 aa  680    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0829587 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1651  isocitrate lyase  72.15 
 
 
434 aa  656    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.232298  normal  0.0282677 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  77.95 
 
 
441 aa  707    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2855  isocitrate lyase  72.5 
 
 
439 aa  667    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4509  isocitrate lyase  71.75 
 
 
434 aa  665    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2449  isocitrate lyase  77.6 
 
 
436 aa  712    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.155678  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3224  isocitrate lyase  70.32 
 
 
475 aa  643    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1415  isocitrate lyase  73.08 
 
 
441 aa  678    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1385  isocitrate lyase  71.62 
 
 
431 aa  654    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0156425  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2088  isocitrate lyase  70.32 
 
 
475 aa  643    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00747543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3687  isocitrate lyase  95.92 
 
 
441 aa  892    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.978448  normal  0.141916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  72.17 
 
 
435 aa  658    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4557  isocitrate lyase  71.98 
 
 
434 aa  665    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1748  isocitrate lyase  96.15 
 
 
441 aa  893    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.191807 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  71.07 
 
 
434 aa  662    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6029  isocitrate lyase  69.86 
 
 
435 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2067  isocitrate lyase  69.86 
 
 
435 aa  639    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94036  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0451  isocitrate lyase  70.88 
 
 
436 aa  654    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4617  isocitrate lyase  70.75 
 
 
471 aa  659    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417878  hitchhiker  0.00173468 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1950  isocitrate lyase  69.86 
 
 
435 aa  640    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8838  normal  0.412611 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5485  isocitrate lyase  72.21 
 
 
434 aa  666    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1229  isocitrate lyase  70.32 
 
 
435 aa  643    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.19821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  78.59 
 
 
440 aa  716    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2844  isocitrate lyase  78.36 
 
 
440 aa  713    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166361  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4502  isocitrate lyase  70.59 
 
 
435 aa  657    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106696 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  77.95 
 
 
438 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2401  isocitrate lyase  72.56 
 
 
443 aa  672    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.782792 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  78.13 
 
 
441 aa  710    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2486  isocitrate lyase  71.69 
 
 
434 aa  653    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  hitchhiker  0.000410073 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2080  isocitrate lyase  69.86 
 
 
435 aa  640    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.250902  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4593  isocitrate lyase  72.21 
 
 
434 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2470  isocitrate lyase  70.32 
 
 
435 aa  641    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1889  isocitrate lyase  70.91 
 
 
438 aa  653    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0265968 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2048  isocitrate lyase  69.86 
 
 
435 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  78.36 
 
 
440 aa  712    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  78.59 
 
 
440 aa  716    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1358  isocitrate lyase  69.86 
 
 
443 aa  633  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.355427  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0189  isocitrate lyase  70.47 
 
 
433 aa  632  1e-180  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0259015  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1295  isocitrate lyase  68.72 
 
 
434 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0485225  normal  0.330509 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1232  isocitrate lyase  68.72 
 
 
434 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635123  normal  0.851055 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  67.67 
 
 
443 aa  606  9.999999999999999e-173  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  66.44 
 
 
428 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  66.13 
 
 
428 aa  598  1e-170  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1377  isocitrate lyase  66.82 
 
 
429 aa  600  1e-170  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.228552  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2490  isocitrate lyase  67.13 
 
 
429 aa  597  1e-169  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000238202  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4375  isocitrate lyase  65.83 
 
 
428 aa  593  1e-168  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  65.83 
 
 
432 aa  594  1e-168  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  66.2 
 
 
428 aa  591  1e-168  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0040  isocitrate lyase  65.76 
 
 
426 aa  592  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1402  isocitrate lyase  66.59 
 
 
422 aa  590  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0854  isocitrate lyase  63.76 
 
 
425 aa  589  1e-167  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00269898  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28360  isocitrate lyase  66.67 
 
 
432 aa  588  1e-167  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.721222  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>