More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2234 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2234  isocitrate lyase  100 
 
 		 527 aa  1101    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0305365  decreased coverage  0.0000429136 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1448  isocitrate lyase  65.91 
 
 		 527 aa  734    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  normal  0.373019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2573  isocitrate lyase  78.11 
 
 		 531 aa  869    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157334  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4447  isocitrate lyase  81.97 
 
 		 527 aa  905    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4340  isocitrate lyase  82.16 
 
 		 528 aa  911    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968792  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1232  isocitrate lyase  75.9 
 
 		 527 aa  849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0047  isocitrate lyase  73.96 
 
 		 530 aa  835    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4801  isocitrate lyase  81.59 
 
 		 528 aa  902    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.815542 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1090  isocitrate lyase  72.92 
 
 		 531 aa  834    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.198066  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1180  isocitrate lyase  73.87 
 
 		 534 aa  847    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1627  isocitrate lyase  68 
 
 		 528 aa  745    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0384  isocitrate lyase  81.63 
 
 		 528 aa  898    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2407  isocitrate lyase  78.3 
 
 		 531 aa  874    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210555  normal  0.138791 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12313  isocitrate lyase  68.38 
 
 		 552 aa  762    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0529  isocitrate lyase  81.78 
 
 		 528 aa  904    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0610  isocitrate lyase  81.78 
 
 		 527 aa  904    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3157  isocitrate lyase  74.29 
 
 		 542 aa  832    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4188  isocitrate lyase  73.53 
 
 		 545 aa  838    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0755941  normal  0.12145 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01326  isocitrate lyase  76.75 
 
 		 531 aa  860    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.190818  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0304  isocitrate lyase  74.48 
 
 		 531 aa  836    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4199  isocitrate lyase  72.83 
 
 		 545 aa  829    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.747158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1029  isocitrate lyase  76.75 
 
 		 531 aa  854    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1379  isocitrate lyase  72.45 
 
 		 545 aa  830    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.378133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4878  isocitrate lyase  72.08 
 
 		 544 aa  825    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347742  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3724  isocitrate lyase  81.59 
 
 		 528 aa  902    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4053  isocitrate lyase  72.21 
 
 		 545 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1860  isocitrate lyase  68.57 
 
 		 528 aa  751    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0847952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3465  isocitrate lyase  76.18 
 
 		 530 aa  841    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.662087  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4737  isocitrate lyase  82.13 
 
 		 526 aa  912    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613526  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0943  isocitrate lyase  73.81 
 
 		 530 aa  834    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.478615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3921  isocitrate lyase  81.97 
 
 		 527 aa  905    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28420  isocitrate lyase  75.66 
 
 		 531 aa  852    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.528136  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2353  isocitrate lyase  94.69 
 
 		 527 aa  1053    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000102131  decreased coverage  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5860  isocitrate lyase  81.97 
 
 		 527 aa  905    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1215  isocitrate lyase  77.88 
 
 		 533 aa  868    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2926  isocitrate lyase  75.76 
 
 		 531 aa  846    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.70995  normal  0.314009 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0542  isocitrate lyase  82.16 
 
 		 528 aa  907    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2682  isocitrate lyase  74.01 
 
 		 531 aa  827    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000577171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3139  isocitrate lyase  89.73 
 
 		 526 aa  1001    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3879  isocitrate lyase  82.16 
 
 		 528 aa  912    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.51448  normal  0.0498655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2041  isocitrate lyase  90.49 
 
 		 527 aa  1007    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30050  isocitrate lyase  77.74 
 
 		 531 aa  865    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1363  isocitrate lyase  55.75 
 
 		 535 aa  561  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1501  isocitrate lyase  28.88 
 
 		 461 aa  144  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0451  isocitrate lyase  28.9 
 
 		 436 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  27.97 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4054  isocitrate lyase  28.11 
 
 		 492 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 438 aa  140  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0583  isocitrate lyase  28.57 
 
 		 443 aa  140  7.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  29.57 
 
 		 443 aa  139  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4706  isocitrate lyase  28.4 
 
 		 438 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2844  isocitrate lyase  28.33 
 
 		 440 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1368  isocitrate lyase  28.51 
 
 		 434 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.871931  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  28.1 
 
 		 440 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  28.1 
 
 		 440 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2985  isocitrate lyase  30.39 
 
 		 435 aa  137  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.54257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  28.61 
 
 		 439 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  28.12 
 
 		 441 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 441 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 441 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  29.1 
 
 		 435 aa  137  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  27.59 
 
 		 428 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 441 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0267  isocitrate lyase  29.68 
 
 		 437 aa  136  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00619067  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 441 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  28.61 
 
 		 440 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0768  isocitrate lyase  28.74 
 
 		 431 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.139053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0295  isocitrate lyase  28.12 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.474355  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0365  isocitrate lyase  28.12 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1484  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 440 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004371  isocitrate lyase  29.58 
 
 		 437 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1229  isocitrate lyase  28.6 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.19821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1415  isocitrate lyase  27.63 
 
 		 441 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1506  isocitrate lyase  26.77 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1651  isocitrate lyase  29.05 
 
 		 434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.232298  normal  0.0282677 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0640  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0281046 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01042  isocitrate lyase  29.1 
 
 		 437 aa  134  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1961  isocitrate lyase  28.57 
 
 		 431 aa  134  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  28.95 
 
 		 434 aa  134  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02080  isocitrate lyase  27.08 
 
 		 435 aa  134  6e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1865  isocitrate lyase  27.61 
 
 		 430 aa  134  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0028  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 427 aa  133  6.999999999999999e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  27.17 
 
 		 428 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0592  isocitrate lyase  30.77 
 
 		 432 aa  133  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442111  normal  0.573655 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  28.83 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  27.73 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2438  isocitrate lyase  28.36 
 
 		 442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2486  isocitrate lyase  28.63 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203517  hitchhiker  0.000410073 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1097  isocitrate lyase  26.75 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1385  isocitrate lyase  28.54 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0156425  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1950  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 435 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.8838  normal  0.412611 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  29.2 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2080  isocitrate lyase  28.41 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.250902  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2067  isocitrate lyase  28.38 
 
 		 435 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4395  isocitrate lyase  28.47 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4517  isocitrate lyase  28.47 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3196  isocitrate lyase  28.83 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0249331 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0189  isocitrate lyase  29.25 
 
 		 433 aa  131  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0259015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1998  isocitrate lyase  28.16 
 
 		 435 aa  131  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.223202  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4502  isocitrate lyase  27.98 
 
 		 435 aa  131  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>