More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2407 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0304  isocitrate lyase  72.51 
 
 		 531 aa  795    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1180  isocitrate lyase  71.56 
 
 		 534 aa  818    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2234  isocitrate lyase  78.3 
 
 		 527 aa  874    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0305365  decreased coverage  0.0000429136 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4447  isocitrate lyase  83.02 
 
 		 527 aa  915    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3157  isocitrate lyase  77.99 
 
 		 542 aa  867    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1232  isocitrate lyase  74.58 
 
 		 527 aa  829    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01326  isocitrate lyase  74.76 
 
 		 531 aa  834    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.190818  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4801  isocitrate lyase  82.3 
 
 		 528 aa  910    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.815542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28420  isocitrate lyase  87.76 
 
 		 531 aa  981    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.528136  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2573  isocitrate lyase  92.84 
 
 		 531 aa  1038    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157334  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0542  isocitrate lyase  81.92 
 
 		 528 aa  907    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2353  isocitrate lyase  78.49 
 
 		 527 aa  876    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000102131  decreased coverage  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1627  isocitrate lyase  64.84 
 
 		 528 aa  719    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0384  isocitrate lyase  81.54 
 
 		 528 aa  900    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12313  isocitrate lyase  67.93 
 
 		 552 aa  746    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2041  isocitrate lyase  77.17 
 
 		 527 aa  866    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4878  isocitrate lyase  75.14 
 
 		 544 aa  845    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347742  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1448  isocitrate lyase  65.09 
 
 		 527 aa  724    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  normal  0.373019 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0610  isocitrate lyase  81.89 
 
 		 527 aa  905    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4188  isocitrate lyase  75.43 
 
 		 545 aa  853    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0755941  normal  0.12145 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1090  isocitrate lyase  75.14 
 
 		 531 aa  860    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.198066  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3724  isocitrate lyase  82.3 
 
 		 528 aa  910    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4199  isocitrate lyase  76.18 
 
 		 545 aa  860    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.747158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1029  isocitrate lyase  78.94 
 
 		 531 aa  883    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1379  isocitrate lyase  75.28 
 
 		 545 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.378133 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4340  isocitrate lyase  83.21 
 
 		 528 aa  914    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4053  isocitrate lyase  75.43 
 
 		 545 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0047  isocitrate lyase  77.08 
 
 		 530 aa  861    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1860  isocitrate lyase  65.22 
 
 		 528 aa  724    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0847952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3465  isocitrate lyase  79.17 
 
 		 530 aa  874    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.662087  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4737  isocitrate lyase  81.51 
 
 		 526 aa  905    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613526  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0943  isocitrate lyase  76.14 
 
 		 530 aa  863    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.478615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3921  isocitrate lyase  83.02 
 
 		 527 aa  915    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2926  isocitrate lyase  77.42 
 
 		 531 aa  859    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.70995  normal  0.314009 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5860  isocitrate lyase  83.02 
 
 		 527 aa  915    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1215  isocitrate lyase  73.82 
 
 		 533 aa  827    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0529  isocitrate lyase  82.49 
 
 		 528 aa  914    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2682  isocitrate lyase  78.72 
 
 		 531 aa  877    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000577171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3139  isocitrate lyase  78.11 
 
 		 526 aa  874    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3879  isocitrate lyase  83.21 
 
 		 528 aa  915    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.51448  normal  0.0498655 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2407  isocitrate lyase  100 
 
 		 531 aa  1108    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210555  normal  0.138791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30050  isocitrate lyase  92.66 
 
 		 531 aa  1033    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1363  isocitrate lyase  55.2 
 
 		 535 aa  566  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  28.51 
 
 		 428 aa  155  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  29.09 
 
 		 443 aa  154  5.9999999999999996e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4054  isocitrate lyase  27.89 
 
 		 492 aa  150  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1501  isocitrate lyase  29 
 
 		 461 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2985  isocitrate lyase  28 
 
 		 435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.54257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4706  isocitrate lyase  28.68 
 
 		 438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  28.33 
 
 		 428 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0583  isocitrate lyase  27.67 
 
 		 443 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0073  isocitrate lyase  28.82 
 
 		 452 aa  144  6e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.136709 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0028  isocitrate lyase  27.57 
 
 		 427 aa  143  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1097  isocitrate lyase  27.2 
 
 		 435 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0999  isocitrate lyase  29.03 
 
 		 440 aa  141  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2963  malate synthase  28.26 
 
 		 1110 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.821485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3198  malate synthase A  28.51 
 
 		 1111 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.260748  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  27.68 
 
 		 428 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0711  isocitrate lyase  26.68 
 
 		 438 aa  140  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3097  malate synthase A  28.6 
 
 		 1111 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.476348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  28.97 
 
 		 441 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0854  isocitrate lyase  28.11 
 
 		 425 aa  140  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00269898  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2998  isocitrate lyase  28.76 
 
 		 1111 aa  140  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28360  isocitrate lyase  29.32 
 
 		 432 aa  140  7.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.721222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3602  isocitrate lyase  28.76 
 
 		 441 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  27.14 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1368  isocitrate lyase  28.82 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.871931  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0768  isocitrate lyase  27.81 
 
 		 431 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.139053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0592  isocitrate lyase  28.57 
 
 		 432 aa  138  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442111  normal  0.573655 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2855  isocitrate lyase  28.12 
 
 		 439 aa  138  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02080  isocitrate lyase  26.67 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  27.93 
 
 		 438 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4116  isocitrate lyase  28.33 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1017  isocitrate lyase  28.89 
 
 		 430 aa  137  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3196  isocitrate lyase  28.54 
 
 		 441 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0249331 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1748  isocitrate lyase  28.76 
 
 		 441 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.191807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4502  isocitrate lyase  27.57 
 
 		 435 aa  136  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106696 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3389  isocitrate lyase  28.76 
 
 		 441 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580592 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1739  isocitrate lyase  26.49 
 
 		 426 aa  136  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1033  isocitrate lyase  26.2 
 
 		 425 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00237406  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4375  isocitrate lyase  28.34 
 
 		 428 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3687  isocitrate lyase  28.76 
 
 		 441 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.978448  normal  0.141916 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1865  isocitrate lyase  28 
 
 		 430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1210  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1052  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203555  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1027  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.156161  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1030  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0365  isocitrate lyase  27.05 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1132  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00988678  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0295  isocitrate lyase  27.05 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.474355  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1287  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000193732  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0816  isocitrate lyase  27.81 
 
 		 429 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.745785  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1182  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00317473  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3930  isocitrate lyase  27.6 
 
 		 429 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1651  isocitrate lyase  29.19 
 
 		 434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.232298  normal  0.0282677 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4157  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0289432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6438  isocitrate lyase  28.25 
 
 		 443 aa  134  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0846232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0040  isocitrate lyase  28.03 
 
 		 426 aa  134  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  27.41 
 
 		 435 aa  133  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0640  isocitrate lyase  26.83 
 
 		 435 aa  134  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0281046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>