166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5019 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_5019  peptidase A24A prepilin type IV  100 
 
 		 246 aa  483  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  40 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  46.62 
 
 		 302 aa  111  9e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  44.68 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  33.96 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  45.52 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  42.24 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  43.97 
 
 		 283 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  44.83 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  42.21 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  41.03 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  47.45 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  43.26 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  42.14 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  39.88 
 
 		 303 aa  99.8  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  38.51 
 
 		 281 aa  97.8  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  40 
 
 		 283 aa  97.8  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1014  prepilin peptidase  41.96 
 
 		 280 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3259  prepilin peptidase  41.96 
 
 		 301 aa  96.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000482568  hitchhiker  0.0000000000000925794 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0963  type IV prepilin peptidase  41.38 
 
 		 277 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  47.73 
 
 		 298 aa  95.9  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  39.69 
 
 		 303 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  40.14 
 
 		 308 aa  95.5  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  40.14 
 
 		 308 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  32.1 
 
 		 291 aa  95.1  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  45.86 
 
 		 296 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  39.69 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  38.18 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  39.46 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  39.6 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5490  prepilin peptidase  34.34 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16559  normal  0.184138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  45.99 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  36.84 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  40.54 
 
 		 295 aa  93.2  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  33.57 
 
 		 287 aa  92.8  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  37.33 
 
 		 289 aa  92.8  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  39.47 
 
 		 318 aa  92.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2902  peptidase A24A prepilin type IV  41.73 
 
 		 233 aa  92.4  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0766  Prepilin peptidase  29.24 
 
 		 293 aa  91.3  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  45.26 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1391  prepilin peptidase  36.88 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  37.32 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58770  type 4 prepilin peptidase PilD  34.7 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.896389  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0803  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  29.08 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  0.890784 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  37.93 
 
 		 293 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  39.57 
 
 		 280 aa  89.7  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  41.22 
 
 		 308 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  41.14 
 
 		 296 aa  89.7  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0773  prepilin peptidase  47.1 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  42.18 
 
 		 290 aa  89  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  37.8 
 
 		 283 aa  88.6  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5164  type 4 prepilin peptidase PilD  33.96 
 
 		 290 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4822  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  34.43 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.823452  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  37.2 
 
 		 285 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  40 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  40.13 
 
 		 303 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  36.11 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  36.11 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  40 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  36 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  34.88 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12070  type IV Pilus Prepilin peptidase, PilD  41.22 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0974512  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  41.04 
 
 		 303 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  41.04 
 
 		 303 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  41.04 
 
 		 303 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  37.5 
 
 		 293 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0013  Peptidase A24 N- domain protein  42.36 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.846368 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  41.04 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  37.41 
 
 		 306 aa  85.5  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  44.53 
 
 		 294 aa  85.1  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4241  prepilin peptidase  37.68 
 
 		 287 aa  85.1  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.204549 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0310  prepilin peptidase  39.49 
 
 		 288 aa  85.1  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  36.65 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  41.67 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  39.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  44.62 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  39.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  39.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  39.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  39.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  39.44 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  43.07 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  39.44 
 
 		 351 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  38.73 
 
 		 351 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2107  prepilin peptidase  33.79 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2029  peptidase A24A domain-containing protein  33.79 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250506  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  39.22 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0637  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  45.74 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000248086  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  38.41 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0304  prepilin peptidase  40.31 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.194253 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0367  prepilin peptidase  41.67 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1953  type 4 prepilin peptidase  36.15 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2962  prepilin peptidase  44.44 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  38.65 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  34.62 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0245  type 4 prepilin peptidase PilD  35.38 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3806  A24 family peptidase  34.06 
 
 		 155 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000259026  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2122  peptidase A24A domain-containing protein  36.36 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.711302  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0067  prepilin peptidase  34.62 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000398253  normal  0.330687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4646  peptidase, A24 (type IV prepilin peptidase) family  31.94 
 
 		 155 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000049764  normal  0.0336249 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>