179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3016 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3016  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 272 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3363  transcriptional regulator, MerR family  98.16 
 
 		 272 aa  531  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.65953  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3080  transcription regulator protein  87.8 
 
 		 256 aa  427  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.730873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3602  MerR family transcriptional regulator  74.81 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1788  MerR family transcriptional regulator  58.4 
 
 		 297 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000131469 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4881  transcriptional regulator, MerR family  61.29 
 
 		 288 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.458694  normal  0.771198 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4022  MerR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 279 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.28056  normal  0.857059 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1153  MerR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 279 aa  287  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0304735  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3698  MerR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 282 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609999  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5630  MerR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 282 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122388  normal  0.561699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4670  MerR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 282 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4060  MerR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 282 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00710658  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4518  MerR family transcriptional regulator  62.34 
 
 		 282 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584937  normal  0.575813 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1468  MerR family transcriptional regulator  55.51 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2529  MerR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0285  MerR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.184763  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0555  MerR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1351  MerR family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0327248  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1273  MerR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1013  MerR family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106241  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1302  MerR family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 268 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2333  MerR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1798  hypothetical protein  43.31 
 
 		 269 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0149  transcriptional regulator, MerR family  43.95 
 
 		 248 aa  194  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0462  transcriptional regulator, MerR family  41.86 
 
 		 264 aa  190  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3330  MerR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0993383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21070  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 232 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.471821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0231  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 250 aa  142  8e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1518  MerR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545801 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4344  regulatory protein MerR  33.2 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4902  MerR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.337456  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0776  regulatory protein MerR  34.19 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5121  transcriptional regulator, MerR family  33.75 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4750  transcriptional regulator, MerR family  33.05 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.772196  normal  0.219423 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1157  transcriptional regulator, MerR family  31.2 
 
 		 258 aa  95.9  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3819  regulatory protein MerR  32.56 
 
 		 297 aa  95.5  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.977775  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4271  transcriptional regulator, MerR family  28.9 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194258  normal  0.647019 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2531  MerR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 246 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.410302  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3663  MerR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4126  MerR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3512  transcriptional regulator, MerR family  48.35 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3650  MerR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0795396  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3723  MerR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5802  transcriptional regulator, MerR family  30.2 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4309  MerR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 144 aa  52.8  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 147 aa  50.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2122  MerR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 131 aa  50.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392854  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2435  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 135 aa  49.7  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  43.48 
 
 		 128 aa  49.3  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  40.58 
 
 		 127 aa  48.9  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  37.35 
 
 		 124 aa  48.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1415  transcriptional regulator, MerR family  36.23 
 
 		 143 aa  48.1  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599633  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 142 aa  48.5  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2312  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 135 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.000000000000678056  hitchhiker  0.000026005 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  37.5 
 
 		 136 aa  47.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1301  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 135 aa  48.1  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 174 aa  47.4  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0130  transcriptional regulator, MerR family  39.76 
 
 		 165 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0138  transcriptional regulator, MerR family  39.76 
 
 		 165 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2216  MerR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 166 aa  46.6  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.741024  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  35.62 
 
 		 135 aa  46.6  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0537  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 160 aa  46.6  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.400616  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3346  transcriptional regulator, MerR family  35.23 
 
 		 241 aa  47  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.152739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  34.21 
 
 		 135 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 134 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 134 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 134 aa  46.2  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1094  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 159 aa  46.6  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  46.2  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  34.21 
 
 		 134 aa  46.2  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2155  transcriptional regulator, MerR family  39.44 
 
 		 167 aa  46.2  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000155365  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 127 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 132 aa  45.8  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1474  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 135 aa  45.8  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.70041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 127 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2068  transcriptional regulator, MerR family  39.19 
 
 		 128 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  38.24 
 
 		 148 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0421  transcriptional regulator, MerR family  37.31 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  38.1 
 
 		 165 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1366  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 166 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0373128  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 152 aa  45.4  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2377  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 166 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3587  zinc-responsive transcriptional regulator  37.31 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.205456  normal  0.141164 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5990  mercury resistance regulatory protein MerR  38.24 
 
 		 132 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.479863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0486  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 135 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2071  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.776641  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1562  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 160 aa  45.4  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3678  zinc-responsive transcriptional regulator  37.31 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 146 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 136 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  37.31 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0879681  hitchhiker  0.0000172555 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35600  predicted transcriptional regulator  40.28 
 
 		 319 aa  45.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.172761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4614  zinc-responsive transcriptional regulator  37.31 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000341039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1599  MerR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 131 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 173 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0132  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 160 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1865  transcriptional regulator, MerR family  39.19 
 
 		 128 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.0420495 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3486  zinc-responsive transcriptional regulator  37.31 
 
 		 141 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0751902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>