51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6243 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6243  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  617  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6530  hypothetical protein  59.68 
 
 		 345 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.634262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1595  hypothetical protein  54.78 
 
 		 310 aa  308  9e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5237  hypothetical protein  54.78 
 
 		 310 aa  308  9e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.924497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5588  hypothetical protein  54.21 
 
 		 333 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5209  hypothetical protein  48.47 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.767147  normal  0.342725 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0697  domain of unknown function DUF1738  39.92 
 
 		 653 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3365  hypothetical protein  35.78 
 
 		 230 aa  162  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.75727  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2287  hypothetical protein  30.86 
 
 		 239 aa  146  5e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1712  hypothetical protein  30.86 
 
 		 239 aa  146  5e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000121156  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1327  hypothetical protein  30.86 
 
 		 239 aa  146  5e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0330254  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4055  hypothetical protein  39.11 
 
 		 188 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  26.13 
 
 		 673 aa  53.9  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  32.08 
 
 		 709 aa  51.2  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  35.64 
 
 		 498 aa  51.2  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  36.45 
 
 		 504 aa  50.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  37.76 
 
 		 505 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  38.67 
 
 		 527 aa  49.3  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  28.24 
 
 		 520 aa  48.9  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  28.24 
 
 		 520 aa  48.9  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3385  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  35.64 
 
 		 252 aa  48.9  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  34.26 
 
 		 809 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  27.56 
 
 		 493 aa  47.8  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  27.96 
 
 		 528 aa  48.1  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  33.33 
 
 		 496 aa  47  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  27.59 
 
 		 547 aa  47.4  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  36.9 
 
 		 526 aa  46.2  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  28.37 
 
 		 799 aa  46.2  0.0007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  36.23 
 
 		 522 aa  45.8  0.0008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  34 
 
 		 498 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  31.3 
 
 		 633 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  28.3 
 
 		 670 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  26.44 
 
 		 547 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  29.08 
 
 		 799 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  34.78 
 
 		 500 aa  45.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  28.05 
 
 		 708 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  24.78 
 
 		 694 aa  44.7  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  37.21 
 
 		 513 aa  44.3  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  36.62 
 
 		 505 aa  43.9  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  38.89 
 
 		 814 aa  43.9  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  32.94 
 
 		 527 aa  43.9  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  30.43 
 
 		 495 aa  43.5  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  30.43 
 
 		 814 aa  43.9  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  30.86 
 
 		 580 aa  43.5  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  34.41 
 
 		 871 aa  43.5  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2478  N-6 DNA methylase  22.63 
 
 		 881 aa  43.5  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2365  N-6 DNA methylase  22.41 
 
 		 526 aa  42.7  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.725173  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  28.95 
 
 		 516 aa  43.1  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  28.47 
 
 		 827 aa  42.7  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2085  N-6 DNA methylase  32.39 
 
 		 711 aa  42.7  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000172006 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  25.93 
 
 		 499 aa  42.4  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>