47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5237 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5237  hypothetical protein  100 
 
 		 310 aa  644    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.924497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1595  hypothetical protein  100 
 
 		 310 aa  644    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6243  hypothetical protein  54.78 
 
 		 297 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6530  hypothetical protein  56.52 
 
 		 345 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.634262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5588  hypothetical protein  45.35 
 
 		 333 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5209  hypothetical protein  47.04 
 
 		 267 aa  230  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.767147  normal  0.342725 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0697  domain of unknown function DUF1738  44.98 
 
 		 653 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3365  hypothetical protein  37.77 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.75727  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4055  hypothetical protein  41.53 
 
 		 188 aa  132  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2287  hypothetical protein  29.17 
 
 		 239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1712  hypothetical protein  29.17 
 
 		 239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000121156  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1327  hypothetical protein  29.17 
 
 		 239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0330254  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3385  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  38.74 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  34.44 
 
 		 526 aa  49.7  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2727  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  34.62 
 
 		 257 aa  49.3  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000895401  hitchhiker  0.000125626 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  32.08 
 
 		 709 aa  49.3  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  28.57 
 
 		 496 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4352  N-6 DNA methylase  29.46 
 
 		 565 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3910  N-6 DNA methylase  27.35 
 
 		 356 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  35.21 
 
 		 527 aa  47.8  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  26.03 
 
 		 910 aa  47  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  27.96 
 
 		 528 aa  47  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  25.81 
 
 		 659 aa  46.6  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  36.49 
 
 		 504 aa  46.2  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.14 
 
 		 663 aa  46.2  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  36.49 
 
 		 505 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2365  N-6 DNA methylase  25.82 
 
 		 526 aa  46.2  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.725173  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0332  N-6 DNA methylase  37.97 
 
 		 709 aa  45.8  0.0009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  26.6 
 
 		 501 aa  45.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  39.71 
 
 		 498 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  39.71 
 
 		 500 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  26.98 
 
 		 498 aa  45.4  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  26.23 
 
 		 863 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  24.11 
 
 		 694 aa  44.7  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  34.18 
 
 		 513 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  28.45 
 
 		 499 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  27.2 
 
 		 863 aa  44.3  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  29.89 
 
 		 547 aa  43.9  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  28.45 
 
 		 499 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  22.86 
 
 		 673 aa  43.5  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  25.24 
 
 		 655 aa  43.1  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  29.51 
 
 		 799 aa  42.7  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  26.92 
 
 		 673 aa  42.7  0.007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  32.14 
 
 		 863 aa  42.7  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 670 aa  42.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  27.83 
 
 		 492 aa  42.4  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  29.11 
 
 		 495 aa  42.4  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>