More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4773 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 130 aa  270  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  93.08 
 
 		 130 aa  233  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  78.74 
 
 		 166 aa  214  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  84.38 
 
 		 128 aa  213  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  82.03 
 
 		 128 aa  213  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  82.03 
 
 		 128 aa  213  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  78.74 
 
 		 128 aa  213  8e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  78.74 
 
 		 128 aa  213  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  78.74 
 
 		 128 aa  213  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  78.74 
 
 		 128 aa  213  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  78.74 
 
 		 128 aa  213  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  78.74 
 
 		 128 aa  213  8e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  77.95 
 
 		 128 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  77.95 
 
 		 128 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  77.95 
 
 		 128 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  77.95 
 
 		 128 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  77.78 
 
 		 128 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  77.78 
 
 		 128 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  77.78 
 
 		 128 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  80.47 
 
 		 128 aa  206  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  80.47 
 
 		 128 aa  206  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  82.05 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  76.56 
 
 		 128 aa  204  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  74.6 
 
 		 129 aa  198  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  71.65 
 
 		 129 aa  192  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  72.22 
 
 		 128 aa  192  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  70.87 
 
 		 129 aa  191  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  68.46 
 
 		 129 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  68.25 
 
 		 127 aa  178  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  64.84 
 
 		 128 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  64.06 
 
 		 136 aa  169  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  66.93 
 
 		 133 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  61.11 
 
 		 132 aa  154  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  64.29 
 
 		 129 aa  150  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  58.46 
 
 		 130 aa  141  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3111  Endoribonuclease L-PSP  54.76 
 
 		 130 aa  134  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  44.88 
 
 		 129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  48.21 
 
 		 123 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 129 aa  114  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  47.32 
 
 		 123 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 123 aa  108  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  47.22 
 
 		 130 aa  107  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  46.85 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  42.2 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  42.2 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  45.05 
 
 		 129 aa  95.1  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  35.45 
 
 		 128 aa  94  7e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 125 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 141 aa  92.8  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  37.17 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 126 aa  92  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  39.2 
 
 		 125 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  38.4 
 
 		 125 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  38.74 
 
 		 156 aa  89.4  2e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 125 aa  88.6  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  37.27 
 
 		 127 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 124 aa  87.8  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  41.12 
 
 		 123 aa  87.8  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 129 aa  87.8  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 125 aa  87.4  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  36.28 
 
 		 127 aa  87  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  43.02 
 
 		 94 aa  86.7  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  37.61 
 
 		 126 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  41.12 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  41.44 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  40.91 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  37.96 
 
 		 126 aa  85.9  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  36.61 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  34.58 
 
 		 125 aa  84.3  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  36.61 
 
 		 127 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 128 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 140 aa  84.3  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 124 aa  84  6e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  39.32 
 
 		 133 aa  83.6  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 124 aa  83.6  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  37.27 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  35.14 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0250  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0937  endoribonuclease L-PSP  34.78 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  36.04 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  35.19 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>