52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1249 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 101 aa  202  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  96.04 
 
 		 101 aa  194  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  94.74 
 
 		 95 aa  181  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  82.29 
 
 		 97 aa  164  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  89.13 
 
 		 96 aa  163  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  83.16 
 
 		 98 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  89.13 
 
 		 96 aa  161  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  77.89 
 
 		 97 aa  153  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  77.89 
 
 		 97 aa  152  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  77.89 
 
 		 97 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  77.89 
 
 		 97 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  77.17 
 
 		 96 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  85.71 
 
 		 78 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  86.84 
 
 		 78 aa  136  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  48.31 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  48.86 
 
 		 91 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  48.28 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 110 aa  73.6  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  58.33 
 
 		 117 aa  73.2  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  52.17 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 98 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 82 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  37.65 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  47.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 81 aa  46.2  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.67 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  35.9 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 74 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2441  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  27.59 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 131 aa  40.4  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  31.67 
 
 		 87 aa  40.4  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  32.14 
 
 		 84 aa  40.4  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 117 aa  40.4  0.009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 79 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 72 aa  40  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  33.93 
 
 		 113 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>