More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1035 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1035  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 256 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1071  short chain dehydrogenase  75.71 
 
 		 272 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0959  short chain dehydrogenase  57.09 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0894  short chain dehydrogenase  57.09 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.211983  normal  0.0749879 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1029  short chain dehydrogenase  57.49 
 
 		 246 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.264626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2223  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 		 249 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.637126  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3561  short chain dehydrogenase  37.97 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3565  short chain dehydrogenase  37.97 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.578221  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3655  short chain dehydrogenase  37.19 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3341  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431422  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3306  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3602  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0750697  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3555  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000931047 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1662  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 249 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.637972  hitchhiker  0.000000702398 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3256  short chain dehydrogenase  37.13 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 256 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0899775  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3250  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0558976  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0080  short chain dehydrogenase  38.87 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 		 258 aa  151  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532431 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0219  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0946  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0309  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1931  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1673  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2209  short chain dehydrogenase  39.43 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4890  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0244727 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1234  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 279 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.446635  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5440  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0792659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3005  short chain dehydrogenase  39 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.702214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6980  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4617  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 253 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.891469  hitchhiker  0.00163121 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3230  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 254 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.272744 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4245  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 		 249 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0225  short chain dehydrogenase  42.74 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5248  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5611  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.637794  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 258 aa  125  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2989  short-chain alcohol dehydrogenase/reductase  33.2 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3544  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.16365  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.278227  normal  0.338656 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61312  predicted protein  32.63 
 
 		 253 aa  95.1  1e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.243713  normal  0.492851 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.247011  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 251 aa  90.5  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.000130997  normal  0.577572 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01740  cytoplasm protein, putative  32 
 
 		 261 aa  89.7  4e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.672483  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal  0.14985 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0765  hypothetical protein  29.96 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 		 240 aa  80.1  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008135 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0747  hypothetical protein  29.11 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2637  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.78 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164626 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1867  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.49 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0330312  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00332  FAD linked oxidase, N-terminal  32.32 
 
 		 705 aa  73.2  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0066  dehydrogenase/reductase  32.3 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000301861 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.08 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.93 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09127  short-chain oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G13950)  28.02 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  26.07 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0872  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.56 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  32.5 
 
 		 268 aa  68.9  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.64 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46579  predicted protein  32.86 
 
 		 308 aa  68.6  0.00000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.15 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.399738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.42 
 
 		 245 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0914  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.66283  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.331162 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1505  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.05 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0160485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.278018 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.59 
 
 		 265 aa  67  0.0000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0206025  normal  0.910086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0422  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.607642  normal  0.406832 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.76 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.03 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0120  hypothetical protein  28.27 
 
 		 265 aa  65.5  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 		 243 aa  65.1  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.1 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.66 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.362756  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0055984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02709  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.39 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0811228  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2122  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.17 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000118784  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  32.16 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2001  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05911  short chain dehydrogenase  24.7 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.96 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0843841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>