22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2775 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2775  HARPIN-like protein  100 
 
 		 380 aa  771    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0897  hypothetical protein  47.84 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2182  Pectate lyase  36.49 
 
 		 489 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0866134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  38.86 
 
 		 511 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3007  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  37.85 
 
 		 424 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014113 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2020  Pectate lyase  37.91 
 
 		 574 aa  102  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742128  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0715  Pectate lyase  37.32 
 
 		 233 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.944836 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1854  Pectate lyase  36.32 
 
 		 460 aa  100  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1184  type III helper protein HrpW1  40.85 
 
 		 441 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.211632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1373  type III helper protein HrpW1  36.81 
 
 		 424 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000104079  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0819  pectate lyase  36.48 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.28547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2571  Pectate lyase  36.42 
 
 		 266 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18079  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2563  Pectate lyase  32.95 
 
 		 259 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0171428  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4177  Pectate lyase  34.97 
 
 		 430 aa  67.4  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06106  pectate lyase (Eurofung)  31.03 
 
 		 244 aa  66.6  0.0000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.148982 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  36.3 
 
 		 445 aa  65.1  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2301  Pectate lyase  35.22 
 
 		 365 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.452858  normal  0.747236 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06748  pectate lyase (Eurofung)  29.65 
 
 		 257 aa  62  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000825304  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  31.64 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03337  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B7Z3]  32 
 
 		 254 aa  53.9  0.000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00353943  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02542  pectate lyase (Eurofung)  26.42 
 
 		 264 aa  51.6  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08453  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATC7]  29.58 
 
 		 260 aa  50.1  0.00007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>