More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4243 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4243  response regulator receiver  100 
 
 		 219 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.376113 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4906  two component transcriptional regulator  92.69 
 
 		 219 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4359  two component transcriptional regulator  91.28 
 
 		 219 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.133421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  70.05 
 
 		 220 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0124  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.51 
 
 		 220 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.804654  normal  0.0356027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4141  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.49 
 
 		 220 aa  286  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1075  two component transcriptional regulator  68.66 
 
 		 220 aa  282  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  59.26 
 
 		 220 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0471  two component transcriptional regulator  62.5 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3680  histidine kinase A domain-containing protein  59.72 
 
 		 220 aa  238  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.894604 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.07 
 
 		 220 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  57.94 
 
 		 221 aa  237  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  57.48 
 
 		 225 aa  237  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  57.41 
 
 		 221 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  56.07 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  57.41 
 
 		 220 aa  235  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 220 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  57.48 
 
 		 221 aa  234  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 224 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 220 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  57.08 
 
 		 241 aa  231  5e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 224 aa  231  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  56.6 
 
 		 283 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  55.61 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  53.67 
 
 		 227 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 220 aa  224  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  53.21 
 
 		 227 aa  221  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  55.88 
 
 		 210 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 219 aa  221  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  52.31 
 
 		 232 aa  221  6e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 227 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  51.85 
 
 		 223 aa  219  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.47 
 
 		 219 aa  218  7e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  53.24 
 
 		 233 aa  217  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 227 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 		 219 aa  214  9e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 		 235 aa  212  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  53.7 
 
 		 255 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.4 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  52.53 
 
 		 227 aa  210  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 279 aa  210  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  52.07 
 
 		 221 aa  210  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  52.49 
 
 		 242 aa  210  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  49.78 
 
 		 246 aa  209  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  49.53 
 
 		 219 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  54.21 
 
 		 223 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 		 221 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  51.61 
 
 		 222 aa  209  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 220 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  208  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  5e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  52.78 
 
 		 220 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  52.78 
 
 		 220 aa  208  5e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3511  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.15 
 
 		 220 aa  208  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 220 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  52.31 
 
 		 220 aa  207  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 220 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 220 aa  206  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3284  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0910618 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  49.53 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2076  OmpR family two-component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000231542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.22 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 224 aa  205  4e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  52.31 
 
 		 220 aa  205  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 		 220 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.39 
 
 		 224 aa  204  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  52.34 
 
 		 221 aa  204  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 		 220 aa  204  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 		 221 aa  204  7e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  51.85 
 
 		 220 aa  204  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 219 aa  203  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  48.37 
 
 		 221 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1939  DNA-binding response regulator  51.83 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.61 
 
 		 219 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2197  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 219 aa  202  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32580  two-component response regulator  51.38 
 
 		 226 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  50.47 
 
 		 220 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2759  two-component response regulator  50.92 
 
 		 226 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358049  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  48.61 
 
 		 219 aa  201  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  48.61 
 
 		 219 aa  201  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.61 
 
 		 219 aa  201  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  48.61 
 
 		 219 aa  201  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>