More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2586 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2586  CinA-like  100 
 
 		 208 aa  410  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.326299  hitchhiker  0.00472571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2859  CinA domain protein  89.22 
 
 		 206 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2886  CinA-like  90.31 
 
 		 211 aa  343  7e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2574  CinA-like  82.99 
 
 		 202 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112998  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1833  CinA-like  74.04 
 
 		 208 aa  301  5.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4066  hypothetical protein  80.42 
 
 		 203 aa  292  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.465317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1441  CinA protein  73.56 
 
 		 208 aa  287  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.297767  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4307  CinA domain-containing protein  70.55 
 
 		 162 aa  201  8e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1622  CinA-like  59.06 
 
 		 165 aa  175  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.371737  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1086  CinA domain-containing protein  54.55 
 
 		 165 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1079  competence/damage-inducible protein CinA  57.14 
 
 		 165 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0607096  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1121  competence/damage-inducible protein CinA  57.14 
 
 		 165 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.030015  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2816  CinA domain-containing protein  58.67 
 
 		 175 aa  164  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.242047 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2130  competence-damage associated protein  53.12 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1808  CinA domain protein  59.12 
 
 		 166 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3043  CinA domain protein  58 
 
 		 175 aa  159  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3134  CinA domain-containing protein  58.94 
 
 		 164 aa  158  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582332 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1514  CinA domain-containing protein  57.89 
 
 		 167 aa  157  8e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1615  CinA domain protein  58.39 
 
 		 166 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2068  CinA domain-containing protein  53.46 
 
 		 163 aa  155  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2934  CinA domain protein  59.21 
 
 		 175 aa  155  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.476555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5926  CinA domain-containing protein  53.5 
 
 		 166 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2602  CinA domain-containing protein  53.25 
 
 		 163 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1438  CinA domain-containing protein  57.62 
 
 		 166 aa  148  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.010805  hitchhiker  0.0000126181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6535  CinA domain protein  54.11 
 
 		 166 aa  148  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643691  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1366  CinA-like  58.5 
 
 		 159 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.649556  normal  0.75874 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2233  CinA-like  57.78 
 
 		 140 aa  143  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0243  CinA domain-containing protein  53.9 
 
 		 178 aa  142  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.912222  normal  0.255402 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3376  competence damage-inducible protein A  49.38 
 
 		 162 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3241  competence damage-inducible protein A  49.38 
 
 		 162 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.450801  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0902  competence damage-inducible protein A  49.38 
 
 		 184 aa  141  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0175  CinA domain protein  56.08 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0883569 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0922  CinA-like protein  48.12 
 
 		 162 aa  139  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0212  competence/damage inducible protein CinA  54.42 
 
 		 168 aa  139  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1870  CinA-like  52 
 
 		 203 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1422  CinA domain-containing protein  53.25 
 
 		 171 aa  138  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0985  competence/damage-inducible protein CinA  46.1 
 
 		 411 aa  138  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000422375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0980  competence damage-inducible protein A  49.07 
 
 		 162 aa  138  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1482  CinA domain-containing protein  58.27 
 
 		 157 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0712  CinA domain protein  50 
 
 		 162 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0525  CinA domain protein  55.41 
 
 		 163 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2850  CinA, C-terminal  52.78 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0571  CinA-like protein  51.3 
 
 		 160 aa  136  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230075 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07490  CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase  54.07 
 
 		 436 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.042487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0840  competence damage-inducible protein A  50.31 
 
 		 162 aa  135  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0987514  hitchhiker  0.00000024761 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10710  CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase  49.04 
 
 		 371 aa  134  8e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00012453  unclonable  0.00000000162574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1462  CinA domain-containing protein  56.3 
 
 		 161 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100792  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2833  putative competence-damaged inducible protein  57.04 
 
 		 161 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1923  CinA-like  51.28 
 
 		 167 aa  133  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.150163  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3049  CinA-like protein  52.45 
 
 		 165 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1767  hypothetical protein  50.35 
 
 		 164 aa  132  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2949  competence damage-inducible protein A  50.35 
 
 		 165 aa  131  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2981  competence damage-inducible protein A  50.35 
 
 		 165 aa  131  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355767  decreased coverage  0.0000723064 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3139  competence damage-inducible protein A  50.35 
 
 		 165 aa  131  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000242069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02550  competence damage-inducible protein A  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0989  CinA domain protein  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00650499  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1012  competence damage-inducible protein A  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000218203 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2984  competence damage-inducible protein A  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0375437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3119  competence/damage-inducible protein CinA  48.03 
 
 		 415 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02515  hypothetical protein  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0457216  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0015  CinA-like  45.64 
 
 		 169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2823  competence damage-inducible protein A  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0804324  hitchhiker  0.00000514203 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2836  competence damage-inducible protein A  46.88 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3032  competence damage-inducible protein A  49.65 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.162361  hitchhiker  0.00262793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3947  competence damage-inducible protein A  48.45 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.388392  normal  0.701681 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0069  CinA family protein  46.1 
 
 		 168 aa  129  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2195  CinA protein  45.96 
 
 		 165 aa  129  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000407296  hitchhiker  0.00000443632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2606  CinA domain protein  50.33 
 
 		 166 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.590584  normal  0.640743 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3016  competence damage-inducible protein A  49.65 
 
 		 165 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.047861  decreased coverage  0.0000000741829 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2770  hypothetical protein  48.7 
 
 		 166 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.335276  normal  0.296125 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1579  CinA-like protein  51.66 
 
 		 160 aa  128  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0260319 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3016  CinA domain protein  49.67 
 
 		 166 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.850522 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2173  CinA domain-containing protein  56.52 
 
 		 165 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19979  normal  0.856491 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1767  hypothetical protein  48.95 
 
 		 164 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3175  competence damage-inducible protein A  44.38 
 
 		 166 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.618843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0596  CinA domain-containing protein  50 
 
 		 166 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0880  competence/damage-inducible protein CinA  45.57 
 
 		 166 aa  126  3e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.630467  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0987  putative competence-damage protein  45.57 
 
 		 166 aa  126  3e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1052  competence/damage-inducible protein CinA  48.32 
 
 		 413 aa  125  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000170345  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3280  competence damage-inducible protein A  54.41 
 
 		 422 aa  125  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.659727 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3177  competence damage-inducible protein A  45.62 
 
 		 165 aa  126  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.266216  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0145  CinA-like  50 
 
 		 166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774466  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0628  CinA domain-containing protein  50 
 
 		 166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0626  competence damage-inducible protein A  47.44 
 
 		 415 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0128  competence damage-inducible protein A  49.65 
 
 		 412 aa  125  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0995  competence damage-inducible protein A  48.98 
 
 		 172 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108193  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11930  competence damage-inducible protein A  48.1 
 
 		 430 aa  124  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.502036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0529  CinA domain-containing protein  49.32 
 
 		 184 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0255  competence/damage-inducible protein cinA  47.74 
 
 		 419 aa  123  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1628  competence damage-inducible protein A  46.62 
 
 		 413 aa  123  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00321197  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3194  CinA domain-containing protein  46.45 
 
 		 159 aa  123  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000125042  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3402  CinA domain protein  55.45 
 
 		 166 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109005  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0633  putative competence-damaged protein  47.02 
 
 		 165 aa  122  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.236595  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0553  CinA domain-containing protein  48.63 
 
 		 166 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1871  competence/damage-inducible protein CinA  45.39 
 
 		 415 aa  121  6e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0858152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2607  CinA domain-containing protein  50 
 
 		 166 aa  121  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.095939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0554  putative competence-damaged protein, CinA-like  48.61 
 
 		 166 aa  121  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0221  CinA domain-containing protein  44.79 
 
 		 164 aa  121  8e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0130  competence damage-inducible protein A  48.95 
 
 		 412 aa  121  8e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.135469  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2757  CinA domain-containing protein  48.63 
 
 		 166 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.439876  normal  0.642955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>