More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2574 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2574  CinA-like  100 
 
 		 202 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112998  normal  0.780367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2586  CinA-like  82.99 
 
 		 208 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.326299  hitchhiker  0.00472571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2859  CinA domain protein  78.64 
 
 		 206 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2886  CinA-like  83.51 
 
 		 211 aa  305  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1833  CinA-like  78.82 
 
 		 208 aa  295  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4066  hypothetical protein  76.92 
 
 		 203 aa  282  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.465317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1441  CinA protein  73.4 
 
 		 208 aa  279  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.297767  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4307  CinA domain-containing protein  67.31 
 
 		 162 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1086  CinA domain-containing protein  54.55 
 
 		 165 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1121  competence/damage-inducible protein CinA  57.62 
 
 		 165 aa  166  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.030015  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1079  competence/damage-inducible protein CinA  57.62 
 
 		 165 aa  166  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0607096  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1622  CinA-like  56.08 
 
 		 165 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.371737  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1808  CinA domain protein  60.71 
 
 		 166 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1514  CinA domain-containing protein  56.96 
 
 		 167 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1615  CinA domain protein  59.44 
 
 		 166 aa  158  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2130  competence-damage associated protein  53.46 
 
 		 168 aa  158  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2068  CinA domain-containing protein  53.9 
 
 		 163 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3134  CinA domain-containing protein  55.33 
 
 		 164 aa  151  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582332 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2816  CinA domain-containing protein  55.1 
 
 		 175 aa  149  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.242047 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5926  CinA domain-containing protein  52.87 
 
 		 166 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3043  CinA domain protein  55.78 
 
 		 175 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2934  CinA domain protein  55.78 
 
 		 175 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.476555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6535  CinA domain protein  53.42 
 
 		 166 aa  141  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643691  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10710  CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase  51.28 
 
 		 371 aa  141  8e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00012453  unclonable  0.00000000162574 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0712  CinA domain protein  52.17 
 
 		 162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1438  CinA domain-containing protein  54.97 
 
 		 166 aa  140  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.010805  hitchhiker  0.0000126181 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1366  CinA-like  54.67 
 
 		 159 aa  138  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.649556  normal  0.75874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0571  CinA-like protein  50.65 
 
 		 160 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230075 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2602  CinA domain-containing protein  51.97 
 
 		 163 aa  136  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0243  CinA domain-containing protein  52.29 
 
 		 178 aa  135  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.912222  normal  0.255402 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07490  CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase  52.59 
 
 		 436 aa  134  6.0000000000000005e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.042487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1870  CinA-like  43.85 
 
 		 203 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0175  CinA domain protein  54.05 
 
 		 168 aa  134  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0883569 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0985  competence/damage-inducible protein CinA  47.1 
 
 		 411 aa  134  9e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000422375  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0922  CinA-like protein  46.88 
 
 		 162 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0525  CinA domain protein  54.04 
 
 		 163 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0212  competence/damage inducible protein CinA  52.05 
 
 		 168 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0069  CinA family protein  47.4 
 
 		 168 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1422  CinA domain-containing protein  50.64 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2233  CinA-like  51.8 
 
 		 140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1482  CinA domain-containing protein  56.12 
 
 		 157 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1923  CinA-like  50.64 
 
 		 167 aa  128  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.150163  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1462  CinA domain-containing protein  53.42 
 
 		 161 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100792  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2850  CinA, C-terminal  50 
 
 		 165 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0980  competence damage-inducible protein A  45 
 
 		 162 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0902  competence damage-inducible protein A  50.36 
 
 		 184 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3241  competence damage-inducible protein A  50.36 
 
 		 162 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.450801  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3376  competence damage-inducible protein A  50.36 
 
 		 162 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3049  CinA-like protein  51.05 
 
 		 165 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3119  competence/damage-inducible protein CinA  44.58 
 
 		 415 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2195  CinA protein  49.02 
 
 		 165 aa  126  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000407296  hitchhiker  0.00000443632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3032  competence damage-inducible protein A  48.95 
 
 		 165 aa  125  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.162361  hitchhiker  0.00262793 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2981  competence damage-inducible protein A  48.95 
 
 		 165 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355767  decreased coverage  0.0000723064 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3139  competence damage-inducible protein A  48.95 
 
 		 165 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000242069 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2949  competence damage-inducible protein A  48.95 
 
 		 165 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2833  putative competence-damaged inducible protein  52.74 
 
 		 161 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1767  hypothetical protein  57.41 
 
 		 164 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3382  competence-damaged protein CinA  46.75 
 
 		 165 aa  123  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000695427  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02550  competence damage-inducible protein A  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0989  CinA domain protein  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00650499  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2823  competence damage-inducible protein A  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0804324  hitchhiker  0.00000514203 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2836  competence damage-inducible protein A  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0255  competence/damage-inducible protein cinA  46.15 
 
 		 419 aa  123  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1012  competence damage-inducible protein A  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000218203 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02515  hypothetical protein  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0457216  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2984  competence damage-inducible protein A  44.38 
 
 		 165 aa  123  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0375437  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3874  CinA, C-terminal  53.64 
 
 		 166 aa  122  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1052  competence/damage-inducible protein CinA  47.65 
 
 		 413 aa  122  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000170345  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3016  competence damage-inducible protein A  49.31 
 
 		 165 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.047861  decreased coverage  0.0000000741829 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0626  competence damage-inducible protein A  48.05 
 
 		 415 aa  122  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3947  competence damage-inducible protein A  45.34 
 
 		 165 aa  122  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.388392  normal  0.701681 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1767  hypothetical protein  56.48 
 
 		 164 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0880  competence/damage-inducible protein CinA  44.3 
 
 		 166 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.630467  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0987  putative competence-damage protein  44.3 
 
 		 166 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0840  competence damage-inducible protein A  45.34 
 
 		 162 aa  120  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0987514  hitchhiker  0.00000024761 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1871  competence/damage-inducible protein CinA  45.39 
 
 		 415 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0858152  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3682  competence/damage-inducible protein CinA  44.44 
 
 		 432 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2173  CinA domain-containing protein  55.15 
 
 		 165 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19979  normal  0.856491 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0015  CinA-like  43.62 
 
 		 169 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0128  competence damage-inducible protein A  48.25 
 
 		 412 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0633  putative competence-damaged protein  46 
 
 		 165 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.236595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2606  CinA domain protein  46.41 
 
 		 166 aa  119  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.590584  normal  0.640743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1579  CinA-like protein  50.33 
 
 		 160 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0260319 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0781  CinA-like  45.26 
 
 		 362 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00322218  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3177  competence damage-inducible protein A  44.1 
 
 		 165 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.266216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3175  competence damage-inducible protein A  45.45 
 
 		 166 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.618843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3016  CinA domain protein  45.75 
 
 		 166 aa  118  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.850522 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2770  hypothetical protein  45.1 
 
 		 166 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.335276  normal  0.296125 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1628  competence damage-inducible protein A  44.76 
 
 		 413 aa  117  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00321197  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0364  CinA domain protein  43.88 
 
 		 159 aa  117  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0492  competence/damage-inducible protein cinA  46.79 
 
 		 382 aa  117  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1676  competence damage-inducible protein A  45.86 
 
 		 418 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0385  competence/damage inducible protein CinA  45.45 
 
 		 159 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1563  CinA domain protein  52.38 
 
 		 196 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0596  CinA domain-containing protein  47.26 
 
 		 166 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2329  competence/damage-inducible protein CinA  49.29 
 
 		 429 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3194  CinA domain-containing protein  44.52 
 
 		 159 aa  116  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000125042  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0814  competence/damage-inducible protein CinA  42.04 
 
 		 416 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3471  competence/damage-inducible protein CinA  42.68 
 
 		 417 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3280  competence damage-inducible protein A  52.21 
 
 		 422 aa  115  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.659727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>