29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1113 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1010  glycoside hydrolase family protein  88.41 
 
 		 440 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1113  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 440 aa  893    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3505  chitinase, cellulase  30.97 
 
 		 2305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0820772 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0614  glycoside hydrolase family protein  32.53 
 
 		 562 aa  169  9e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0151906 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3001  chitinase  30.77 
 
 		 2310 aa  166  9e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.426725  normal  0.0460481 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4214  glycoside hydrolase family 5  32.29 
 
 		 608 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0159  Cellulase  29.66 
 
 		 542 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1866  Mannan endo-1,4-beta-mannosidase., Cellulase  29.89 
 
 		 1414 aa  123  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2820  glycoside hydrolase family protein  28.53 
 
 		 633 aa  123  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000391085  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2712  cellulase  27.43 
 
 		 619 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2684  glycoside hydrolase family protein  27.27 
 
 		 658 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.954713  normal  0.0577257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2147  glycoside hydrolase family protein  25.68 
 
 		 660 aa  107  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0734  glycoside hydrolase family 5  27.53 
 
 		 580 aa  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0560838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3216  glycoside hydrolase family 5  27.27 
 
 		 649 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1897  glycoside hydrolase family 5  26.74 
 
 		 597 aa  100  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.754177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2872  glycoside hydrolase family protein  25.18 
 
 		 566 aa  97.8  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0405  glycoside hydrolase family protein  25.83 
 
 		 526 aa  97.4  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000478388  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0740  glycoside hydrolase family 5  24.33 
 
 		 534 aa  97.1  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.209978  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1163  cellulase  24.54 
 
 		 468 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4225  glycoside hydrolase family 5  26.18 
 
 		 632 aa  79.7  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2337  glycoside hydrolase family 5  23.1 
 
 		 539 aa  77.8  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0536  glycoside hydrolase family protein  24.02 
 
 		 563 aa  77.4  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000215938  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0861  glycoside hydrolase family 5  26.67 
 
 		 642 aa  77  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.025002 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04151  major extracellular endoglucanase  26.5 
 
 		 480 aa  70.5  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1953  cellulase  23.51 
 
 		 614 aa  66.6  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.253499  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2102  cellulase  24.22 
 
 		 496 aa  62.4  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104361  normal  0.672639 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05710  endoglucanase  26.15 
 
 		 601 aa  48.9  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.118041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0943  glycoside hydrolase family protein  24.79 
 
 		 493 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  22.3 
 
 		 590 aa  43.1  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>