More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0581 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0581  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 526 aa  1082    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  34.02 
 
 		 544 aa  294  3e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01449  AMP-binding domain protein  33.7 
 
 		 579 aa  287  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.300352  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  33.71 
 
 		 549 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 549 aa  283  6.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 630 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  34.08 
 
 		 571 aa  277  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 		 566 aa  277  4e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  33.4 
 
 		 570 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  32.89 
 
 		 552 aa  276  6e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 570 aa  274  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  32.34 
 
 		 576 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 575 aa  272  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  32.08 
 
 		 518 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  33.83 
 
 		 576 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  32.84 
 
 		 576 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  33.4 
 
 		 571 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  33.4 
 
 		 571 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 553 aa  267  5e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 575 aa  266  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  34.17 
 
 		 543 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2285  AMP-binding domain protein  31.09 
 
 		 570 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0389499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  31.65 
 
 		 560 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  32.52 
 
 		 549 aa  265  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2503  AMP-binding domain protein  31.9 
 
 		 568 aa  265  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2475  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 574 aa  265  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  0.707205 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  31.78 
 
 		 564 aa  265  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 575 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 575 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  31.95 
 
 		 573 aa  264  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  31.73 
 
 		 576 aa  264  4e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  31.65 
 
 		 552 aa  264  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 551 aa  263  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.84 
 
 		 552 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 575 aa  263  6e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  31.4 
 
 		 570 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0580  AMP-binding domain protein  31.96 
 
 		 576 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.566618  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  31.09 
 
 		 574 aa  261  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 		 575 aa  261  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1041  AMP-binding domain protein  31.59 
 
 		 549 aa  261  3e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 520 aa  261  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 562 aa  260  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  33.15 
 
 		 575 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  32.35 
 
 		 578 aa  259  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  31.52 
 
 		 550 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  31.59 
 
 		 547 aa  259  1e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  32.39 
 
 		 578 aa  258  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3937  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 539 aa  258  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.104158  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  31.27 
 
 		 549 aa  258  3e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  31.2 
 
 		 557 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  31.65 
 
 		 557 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0252  AMP-binding domain protein  31.21 
 
 		 564 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4355  AMP-binding domain protein  33.47 
 
 		 577 aa  256  5e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1585  AMP-binding domain protein  31.41 
 
 		 549 aa  256  6e-67  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1547  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 526 aa  256  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2607  AMP-binding domain protein  32.12 
 
 		 570 aa  256  9e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5975  AMP-binding domain protein  32.35 
 
 		 572 aa  255  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1679  AMP-binding domain protein  32.25 
 
 		 570 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2361  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 550 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.727031  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 524 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  31.68 
 
 		 572 aa  254  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.78 
 
 		 513 aa  253  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1121  AMP-binding domain protein  30.47 
 
 		 548 aa  253  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131488  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  31.39 
 
 		 560 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  29.96 
 
 		 570 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  29.96 
 
 		 570 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  29.96 
 
 		 570 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  32.04 
 
 		 564 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  29.65 
 
 		 587 aa  252  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 		 558 aa  251  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0344  AMP-binding domain protein  31.72 
 
 		 562 aa  251  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.100012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  31.34 
 
 		 560 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  31.46 
 
 		 549 aa  250  5e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 521 aa  249  6e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  30.28 
 
 		 560 aa  249  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2242  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 519 aa  249  8e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.109106  normal  0.89285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  30.54 
 
 		 562 aa  249  9e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  31.14 
 
 		 548 aa  249  9e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.02 
 
 		 579 aa  249  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5134  AMP-binding domain protein  31.38 
 
 		 518 aa  249  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0657606  normal  0.735688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2068  AMP-binding domain protein  31 
 
 		 596 aa  249  1e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3045  AMP-binding domain protein  31.15 
 
 		 578 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 512 aa  248  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  31.14 
 
 		 564 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  31.02 
 
 		 557 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2679  AMP-binding domain protein  31.67 
 
 		 561 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180976  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0241  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 545 aa  248  3e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276778  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3764  AMP-binding domain protein  31.15 
 
 		 578 aa  247  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12527  AMP-binding domain protein  32.59 
 
 		 547 aa  247  4e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0503764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  29.51 
 
 		 560 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  31.68 
 
 		 549 aa  247  4.9999999999999997e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 525 aa  246  6e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 509 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>