More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1386 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1386  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  0.474436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4173  two component transcriptional regulator  86.72 
 
 		 241 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3884  winged helix family two component transcriptional regulator  85.89 
 
 		 241 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.365939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4852  two component transcriptional regulator, winged helix family  84.65 
 
 		 240 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3137  two component transcriptional regulator  84.23 
 
 		 242 aa  404  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2518  two-component transcriptional regulator  81.25 
 
 		 246 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.18728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1737  two component transcriptional regulator  80.33 
 
 		 243 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.151372  normal  0.336316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2558  two component transcriptional regulator  69.47 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.403313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1521  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  62.23 
 
 		 241 aa  290  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.675435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1472  putative transcriptional regulatory protein OmpR  62.23 
 
 		 241 aa  290  1e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.830233  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1644  two component transcriptional regulator  64.13 
 
 		 235 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2142  two component transcriptional regulator  61.33 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.46457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2245  two component transcriptional regulator  60.54 
 
 		 233 aa  278  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.398974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3164  two component response regulator  60.09 
 
 		 232 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0516901  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2511  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.52 
 
 		 244 aa  274  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0989  DNA-binding response regulator  56.5 
 
 		 234 aa  270  2e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.016967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3011  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.74 
 
 		 233 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2748  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.74 
 
 		 233 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3546  two component transcriptional regulator  58.8 
 
 		 273 aa  261  8.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.376665  normal  0.686762 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2808  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.67 
 
 		 242 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.95971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4069  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 235 aa  260  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.473392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2585  response regulator receiver  56.67 
 
 		 242 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2269  two component transcriptional regulator  59.56 
 
 		 243 aa  256  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2613  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.33 
 
 		 242 aa  254  9e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7272  two component transcriptional regulator, winged helix family  59 
 
 		 240 aa  231  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.629561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6015  two component transcriptional regulator  59.92 
 
 		 240 aa  230  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0270966 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0092  two component transcriptional regulator  53.02 
 
 		 239 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1138  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 		 232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564511  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2799  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 		 232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2788  two component transcriptional regulator  54.91 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.471427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  56 
 
 		 233 aa  219  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2600  two component transcriptional regulator  53.48 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2924  two component transcriptional regulator  52.17 
 
 		 234 aa  214  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.470238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3299  DNA-binding response regulator PetR  51.72 
 
 		 237 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2225  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4351  two component transcriptional regulator  52.7 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.812156 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  45.02 
 
 		 241 aa  178  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  178  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  42.86 
 
 		 245 aa  178  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 241 aa  177  9e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  44.59 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 240 aa  176  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0852  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0690944  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.16 
 
 		 241 aa  175  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  43.72 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  43.29 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  42.86 
 
 		 246 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  42.42 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  43.42 
 
 		 246 aa  168  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  43.42 
 
 		 246 aa  168  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  41.85 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.52 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  41.23 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 240 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  41.23 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  41.41 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0260  osmolarity response regulator  41.23 
 
 		 246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948807  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4966  osmolarity response regulator  40.35 
 
 		 246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00196418 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 236 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  40.61 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  40.69 
 
 		 240 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 239 aa  161  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  42.67 
 
 		 245 aa  161  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0271  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  40.61 
 
 		 243 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  42.37 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 262 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0246  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0261  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.69 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>