More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3810 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3810  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
345 aa  712    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.87 
 
 
345 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5635  putative dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.54 
 
 
332 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14531  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  50.61 
 
 
332 aa  343  2.9999999999999997e-93  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.699739  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.99 
 
 
329 aa  290  2e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.165318  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.26 
 
 
323 aa  172  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.77 
 
 
322 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.73 
 
 
323 aa  167  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.38 
 
 
322 aa  165  9e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.38 
 
 
322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.31 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.38 
 
 
322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.95 
 
 
336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35 
 
 
322 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.38 
 
 
322 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35 
 
 
322 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.44 
 
 
356 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.33 
 
 
354 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.82 
 
 
351 aa  158  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  31.12 
 
 
355 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.75 
 
 
341 aa  157  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000370368  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.12 
 
 
355 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.12 
 
 
355 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.6 
 
 
350 aa  156  4e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.93 
 
 
357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.73 
 
 
353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.03 
 
 
360 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.58 
 
 
334 aa  155  1e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.26 
 
 
355 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.15 
 
 
361 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
337 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.82 
 
 
353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  32.63 
 
 
352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  32.63 
 
 
352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.63 
 
 
355 aa  153  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.76 
 
 
355 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.11 
 
 
354 aa  153  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.8 
 
 
353 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.09 
 
 
355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.98 
 
 
354 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.56 
 
 
366 aa  152  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.38 
 
 
353 aa  152  8e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.17 
 
 
360 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.38 
 
 
354 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.93 
 
 
355 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2679  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.05 
 
 
332 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0614199  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.25 
 
 
357 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.06 
 
 
358 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.28 
 
 
358 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.52 
 
 
345 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31 
 
 
358 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3017  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.75 
 
 
340 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0758664 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3054  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.9 
 
 
350 aa  151  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2222  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.08 
 
 
335 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.85 
 
 
362 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.52 
 
 
353 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.4 
 
 
352 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.1 
 
 
322 aa  150  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.56 
 
 
355 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1124  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.29 
 
 
323 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0644506  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.85 
 
 
360 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.56 
 
 
355 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.77 
 
 
351 aa  150  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.57 
 
 
355 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.13 
 
 
330 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  29.57 
 
 
355 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0734  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.52 
 
 
335 aa  149  5e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.290638  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.82 
 
 
360 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.77 
 
 
358 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.1 
 
 
355 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47152  predicted protein  32.34 
 
 
437 aa  149  6e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.29 
 
 
351 aa  149  7e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.14 
 
 
355 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 
354 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.08 
 
 
353 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.83 
 
 
353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.53 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.83 
 
 
353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.08 
 
 
362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.63 
 
 
356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.79 
 
 
354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.38 
 
 
346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.89 
 
 
367 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.89 
 
 
352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.42 
 
 
353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.86 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.49 
 
 
330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2411  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.89 
 
 
332 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.261098 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.26 
 
 
354 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.11 
 
 
349 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.28 
 
 
355 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.4 
 
 
355 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.28 
 
 
355 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.72 
 
 
356 aa  147  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>